做微生物的GO和基因预测的软件有哪些？哪个比较好？
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遇到一个关于perl程序的问题，向各位请教！
现在这里有一首英文诗： Never give up Never lose hope Always have faith [...]
5 days, 2 hours ago 123love
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perl程序，向各位求助！
这是三条长度为10的碱基序列： CACTAGCATC ACATGTACGT CACACTGTAG 问题是这样的： 让三条序列两两比较，求任两条序列间的距离，距离是这样来定义的：由于每条序列长度都是一样的，比较相同位置的碱基（就是一条序列的第一个碱基与另外一条序列的第一个碱基做比较，第二个与第二个做比较，以此类推），碱基不同就加1，相同就加0；最后得到的数值我们就认为是两条序列的距离；我现在就是不知道怎么样才能让任两条序列都作比较，想了几天也没想出来，只有向各位请教了，谢谢·~··...
5 days, 2 hours ago 123love
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请教预测miRNA靶标的软件
最近需要预测昆虫的miRNA靶标，找到了miranda和TargetScan两款软件，不过这两款都是从同源性角度预测的，而且比较老，想问问有没有什么新的，比较好的软件，需要时本地版的，请高手指点，谢谢。
三月 11th, 2011 15:39 geckox
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提问 如何在纤毛虫的基因组中找到特定基因？
刚接触这块不久 老板要我在4种已公布的纤毛虫基因组中用生物信息学方法找一些特定的基因 因为纤毛虫的基因组有基因组重复（genome duplication） 所以理论上的找到的特定基因应该不止一个 但是用HMM和Blast对基因组的氨基酸序列进行搜索后 只能发现一个甚至没有发现想要的特定基因 想问下如果在基因组中寻找特定基因的话 是不是用aa [...]...
4 days, 23 hours ago chijingyun
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TGICL使用遇到问题了
实验室服务器上，管理员安装了TGICL-2.1，但是我调用 （例如指令为：tgicl -F file1.fasta -p 0.98 -l 40 -v 1 [...]
7 days, 5 hours ago pingshui
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请问哪里可以下载到完整的拟南芥rRNA序列或者注释？
大家好： 我看到TAIR10的gff文件里面只有两个位点被注释成为rRNA，平均每个2000bp，我觉得rRNA不可能这么少。请问哪里可以下载到全部拟南芥rRNA的序列呢？ 谢谢！
四月 5th, 2012 19:15 Paulluke
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拿到RNA-seq的结果（只有每个基因的rpkm值）如何做差异分析？用什么软件
如题 我拿到rnaseq结果的基因和对应的rpkm值 如何做差异表达分析
四月 6th, 2012 10:24 zinky699
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Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图 找不到正确的graphics.pm
输入的代码和结果如下 得到的结果1.png为0字节。 请大侠指点......
三月 31st, 2011 16:07 xuewuzhijing
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MISA开发SSR引物最后整合数据的问题。
大家好！最近遇到一个奇怪的问题，在使用Primer3批量设计完引物以后，需要将.p3out文件和.misa文件整合。然后怎么弄都整合错误，总是提示"Primer modeling failed for XXXX sequences".最后出来的result文件只是简单的将.p3out的表头和.misa文件合并到一起，没有达到整合的目的。研究了几天，没找到原因。在使用Primer3的设计引物的时候曾遇到问题，可能是Primer3版本升级了，参考一些资料后将SEQUENCE=改为SEQUENCE_TEMPLATE=后正常使用。是否是因为PRIMER3版本的原因，里面的语句发生了变化？请各位大大赐教，不胜感激！ &nb...
八月 31st, 2011 9:30 zephyr0911
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谁能帮我看看啊，查找长序列中短序列位置，并返回结果
刚接触perl不久，有两个文件，一个是普通的fasta文件，里面有20多个序列文件，每条序列长度为3000，格式是 >1 atatatatata..aaa >2 atatat....aaaa 文件b中是一些小的短序列，格式不是fasta的，但是一个短序列一行，有4000多个，如 atactat atcagtcag 如何依次提取b文件中的短序列在a文件中查找位置，然后返回结果到一个新的文件啊？有的时候还需要考虑序列的反向互补，可能在正向序列中找不到，在反向互补序列中就可以找到。 求大神指导帮忙...
四月 24th, 2012 19:50 skycc1986
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ModelGenerator
请问有谁用过ModelGenerator？我下载了软件，但就是找不到软件的使用说明书，在windows下操作，dos 窗口命令要求输入number of discrete gamma catogries,不知道输入的数字对模型的选择有何影响？ 还有我要构多基因树，不知道多个基因连接起来是否可以用于model generator分析？...
9 days, 22 hours ago fieldtowtree
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求学习bioperl的最佳方式
本人生物信息学基础较差 想学习bioperl 求学习bioperl的最佳方式 有什么好书或好的网站 或好的论坛
14 days, 5 hours ago fieldtowtree
