各位帮帮忙，看看这个调用应该怎么写？这样写第二句，为什么会报错啊？谢谢大家了！！！
my $aln='$query.fa';
my $clustalw ="D:\Program Files\ClustalW2\clustalw2";
my $tempoutput='$query.aln';
my $system_check=system("$clustalw -KTUPLE=2 -INFILE=$aln -OUTFILE=$tempoutput");
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未解决
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clustalw是web版的啊！
本地应该是clustalX！
不清楚你到底想调用哪个！
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一楼的说法，不太对。clustaw，也有本地版。只不过是命令形式的，clustalx是图形界面！
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my $clustalw ="D:\\Program Files\\ClustalW2\\clustalw2";
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@cedarice:不行啊，还是报错，不是内部命令也不是外部命令之类的信息。还是十分的感谢你啊
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@paul: 完整的错误信息要贴出来。 这很有可能是你没装好perl了。 或是手动把perl的路径放在环境变量了。
去google "不是内部命令也不是外部命令"
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路径中有空格的，需要把整个路径用引号括起来
my $clustalw ="D:\Program Files\ClustalW2\clustalw2";
改为
my $clustalw ="\"D:\Program Files\ClustalW2\clustalw2\"";
或者
my $system_check=system("$clustalw -KTUPLE=2 -INFILE=$aln -OUTFILE=$tempoutput");
改为
my $system_check=system("\"$clustalw\" -KTUPLE=2 -INFILE=$aln -OUTFILE=$tempoutput");
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楼上正解
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