实在是不好意思，我不会perl，我只会python，所以我用我那蹩脚的python写了个代码，测试通过，不知道你能否用上。。

代码如下

#coding=utf-8

#file1中包含原始待处理序列，格式和内容如下：
#>AT2G01210.1
#MLASLIIFVALLCNVTVISGLN
#>AT2G01820.1
#MSNSHLGTLCFIISLLGLANFSLS
#>AT2G01950.1
#MTTSPIRVRIRTRIQISFIFLLTHL
#file2中包含指定区段信息，格式和内容如下：
#AT2G01210.1 1 12
#AT2G01820.1 2 5,10 14,17 20
#AT2G01950.1 3 7,12 15
#要求得到file3，内容如下：
#>AT2G01210.1
#CNVTVISGLN
#>AT2G01820.1
#MLGTLLLFSLS
#>AT2G01950.1
#MTVRIRISFIFLLTHL
#上面是个简单的例子，实际情况就是序列长一些，序列数多一些。
#终端命令形式希望是cutseq.pl file1 file2 file3

import sys
def getf(fileA,fileB,fileC):#定义主要函数
    file1=open(fileA,'r')#依次打开文件，根据文件不同功能进行读写
    file2=open(fileB,'r')
    file3=open(fileC,'w+')
    file1s=file1.readlines()
    line=file2.readline()#使用while循环方式的readline
    while line:
        position=file1s.index('>'+line.split()[0]+'\n')+1#索引到对应名称的对应序列
        e=getp(line,file1s[position],1)#使用的一个函数获得截取字符串
        file3.write('>'+line.split()[0]+'\n'+e)#写入file3
        line=file2.readline()#读行再次循环
    file1.close()#依次关闭文件
    file2.close()
    file3.close()
def getp(a,b,n):#获得截取字符串函数，这里的n是因为默认开始为0，而你这为1，所以为了灵活，使用变量，即比默认多1，如果开始为0则n为0
    #a='AT2G01210.1 1 12,14 18'
    #b='<MLASLIIFVALL>CN<VTVIS>GLN'=CNGLN
    c=a.split()
    e=b[0:int(c[1])-n]  #e=b[0:int(c[1])]#原理就是头尾相加，中间有，号的使用循环
    for i in c[2:-1]:
        e+=b[int(i.split(',')[0])+1-n:int(i.split(',')[1])-n]
    e+=b[int(c[-1])+1-n:]
    return e

if __name__=='__main__':
    if len(sys.argv)==4:
        getf(sys.argv[1],sys.argv[2],sys.argv[3])
    else:
        print 'INPUT LIKE THIS: python cutseq.py file1 file2 file3'

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用perl应该好解决的呀，先遍历file1，读取基因位置号，读取序列，然后打开file2，查找到位置信息，然后用substr函数截取字符串，将结果输出到file3就可以了。

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@rusaer:呵呵 十分感谢您的帮助

我想我该学习一些简单的基础编程语言 不能总靠别人的帮助

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