组装RNA-seq的数据后，不能确定是由于组装产生的还是因为本身发生啦同源重组才导致序列会出现相同。有什么办法可以验证啊？？？
详细列出你的问题！
组装转录组后的序列有一段和另外一条的一段相同,这是组装软件本身的一般现象还是发生了同源重组????
@biofreash: 是de novo assembly，还是有reference genome?
是de novo assembly,没有reference genome
@biofreash: 你用的是Trinity吗？ 它的paper上说，处理gene duplication/paralogous transcripts方面比较好。 软件的第三部分Butterfly会resolve paralogous transcripts.
文中同时指出：
Some of the most highly expressed transcripts in S. pombe are derived from paralogous genes with very similar sequences (e.g., those encoding ribosomal proteins), yet were resolved by Trinity.
在某些organsims里，同源基因是会co-expressed, 如果想要验证的话，我估计有三种办法：
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Questions about bioinformatics & biocompute.
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Q群3：142941468 （生物信息学3）。
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组装转录组后的序列有一段和另外一条的一段相同,这是组装软件本身的一般现象还是发生了同源重组????
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@biofreash: 是de novo assembly，还是有reference genome?
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是de novo assembly,没有reference genome
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@biofreash: 你用的是Trinity吗？ 它的paper上说，处理gene duplication/paralogous transcripts方面比较好。 软件的第三部分Butterfly会resolve paralogous transcripts.
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文中同时指出：
在某些organsims里，同源基因是会co-expressed, 如果想要验证的话，我估计有三种办法：
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