之前曾经问过Liucheng有关如何将序列定位在染色体上的问题,得到回复之后,觉得应该将他提到的那个疑问贴出来一下,就算也让大家也知道一下NCBI确实是提过这个建议的,尽管我搞了半天愣是没有看懂。呵呵。欢迎大家鉴赏一下啊。也请大家帮忙解决以下我这个问题——如何将序列定位在染色体。不甚感激!
以下是这个建议的website。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/genefaq.html
其中重要的部分我截过来。
Ps,注册这个网站之后,我咋觉得,我们都将是未来的网站元老呢,呵呵,鉴于这个自私的想法,所以就立马添了一篇文章。呵呵......
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你这样子提问题,谁人看得明白啊。呵~ 我帮你整理一下.
标题:如何将序列定位在染色体(水稻)
描述:如有段水稻的序列, 需要定位在染色体上的具体位置?。
如有必要,请给出具中一段序列作为例子。
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1,通地序列定位在染色体的位置,前提条件是要水稻的基因组已经测序的。这方面没问题 了。
2, 你下载NCBI的gene_info,有什么用呢? 这个东西也不能解决这个问题啊。
3, 最好的染色体定位软件是UCSC的blat,只可惜UCSC没有水稻的基因组序列。 如果你会用blat,自己下载这个软件,和水稻的基因序列。当然结果很容易就出来了。
4, 对你而言,最好的办法应该是用blast。数据库选择水稻的基因组。 你把序列一blast,精确位置就可以出来了。
如果序列大多,需要批量的话,就自己用本地的blast。
PS: 这个快速问答系统,刚建好不久。你是第一个提问的哦。~ 我会认真问答的。
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@O型天蝎座:
刚看了半天没有回答,又往你gmail发了一封,我汗。谢了啊。呵呵。
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如今已经被搞得很愤懑了,翻了一些articles出来养了养眼。现在先放一篇供大家研究一下,反正我是看着犯晕。
本来想说自己很后悔没有学过生物信息学,可想想觉得蛮搞笑,我就学了C语言,其它就只是听说了。
这篇文章具体地讲了从大规模EST中查找SSR的全过程,甚至包括后面的作图。
article title:用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系.
author:汤继凤、贾继增。
其它信息就不用了,就这就能找到。
Ps,问了好久,一直联系不上,前几次竟然连邮件都发不过去,害得我以为他们关门了。
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