make test这一步其实是蛮多余的。

你运行一下程序。没问题的话根本就不用理这个错误啊。

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我在"make test"下一步"make install"后应该是安装好了，然后输入$ meme按理说能运行MEME了，可是却提示错误，不能正常运行，不知道哪里出错了

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@shendanyu:输入meme就行。不用$

一般情况下还要加路径的。在该目录下可用 ./meme

你试试

另外~ 你要把出错的提示贴出来。我才好判断。上面的是我的猜测。

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我刚才照着你的方法试了一下还是不行。
我在MEME的目录下输入meme,结果提示“bash: /home/host/bin/meme:/bin/csh:损坏的解释器：没有该文件或目录 ”。
我按照你的方法在目录下输入./meme,结果提示“bash: ./meme:没有该文件或目录”。
也不知道到底哪里出错了，你能安装一下试试吗？多谢了

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@shendanyu:这是没有配置好的原因了。具体你还是./configure这步没设置好。

不过it's ok.

你在meme的目录下，再

cd src
./meme.bin

这样才行。meme.bin是在src目录下，而不是在meme目录下。

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@O型天蝎座:我在MEME的src目录下输入 ./meme.bin 可以显示MEME的参数列表，但是我却不能使用MEME工作，表现为按理说正常的使用命令是(举例) meme soybean1.fa -dna -nmotifs 4 -minw 5 -maxw 5 >soybean_meme_htmlFormat，可是显示为什么/bin/csh:损坏的解释器：没有该文件或目录。
1.我怀疑是MEME的一些前提软件没装，官网上说MEME的Prerequisite software:
* Perl (v.5.6.1 or higher) is needed to run some scripts. See http://www.perl.org for download and installation instructions.
* Bourne compatible shell
* Make utility
* C compiler
* Gzip/gunzip utilities
我是刚用Ubuntu9.10版本，对linux不熟悉，Ubuntu9.10版本集成以上几个必需的软件了吗？我只会perl -v 显示是perl 5.10,是不是说已集成安装好perl了？其他下面的几个软件呢？
2.我刚开始用Ubuntu，安装MEME是按照官方的方法，configure不怎么会，我安装时是
$ tar zxf meme_4.3.0.tar.gz
$ cd meme_4.3.0
$ ./configure
$ make
$ make test
$ make install
请教安装过程有什么问题吗？请赐教，多谢

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@shendanyu:

你看一下安装文档嘛。
http://meme.nbcr.net/meme4_3_0/doc/meme-install.html

1，Type the following commands and then follow the instructions printed by the configure command.
$ tar zxf meme_VERSION.tar.gz
$ cd meme_VERSION
$ ./configure --prefix=$home/meme --with-url=http://meme.nbcr.net/meme

2，Edit your shell configuration file to add
$home/meme/bin to your shell's path.

你多试几次吧。

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路径问题，如果你的安装目录在当前目录下，你试一下，user@user-desktop $ ~/安装目录/meme.bin soybean1.fa -dna -nmotifs 4 -minw 5 -maxw 5 >soybean_meme_htmlFormat

btw，重新./configure前，先make clean以前的配置

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