在查看进化树文件时，发现在计算距离是出现0或者是负值，个表示什么意思呢？进化树是用clustalw程序做的！谢谢
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你是用什么算法做树的？Google了一下，发现NJ法最有可能产生负值距离，因为它的原理是先计算pairwise distance，然后取距离最小的两个点连线，并且用一个新的点取代之。计算距离如果不完全准确，就会产生负值。0或小的负值可能是由于3个或以上的序列彼此相似，出现多分支[polytomy]；大的负值则可能是alignment本身有问题。
参考：
http://mikrobiologie.uni-graz.at/public/GCG/seqweb_help/growtree.html
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高深~路过一下
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