我想查找葡萄中的SBP转录家族的序列信息，不知道怎么找，能教教我么。
我看了些文章，但是都不详细，我试过两个方法，就是不知道对不对，接下去怎么处理。
一个是，拿拟南芥转录家族的所有基因对葡萄EST数据库进行比对，然后将结果进行拼接，但这样，还是得到很多序列
二是，那SBP domain 氨基酸序列对葡萄EST数据库进行比对，结果再进行拼接，这样得出的序列较少，但是这些序列的CDS序列以及氨基酸序列我不知道该怎么查找出来了，而且要和拟南芥做聚类分析以及氨基酸比较分析，我不知道这些序列对应拟南芥哪些序列进行分析？
在线等求教。。。。。
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葡萄只有EST的序列？ 没有氨基酸序列？
为什么不拿氨基酸序列做分析？
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CAN59791.1@O型天蝎座:恩。。有氨基酸序列。今天我后来又用了SBP domain的保守氨基酸序列对葡萄蛋白质数据库进行了检索,E值设为负十次方，得到了一批序列。那这批序列就可以认为是葡萄SBP基因家族的序列么？
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@O型天蝎座:恩。。有氨基酸序列。今天我后来又用了SBP domain的保守氨基酸序列对葡萄蛋白质数据库进行了检索,E值设为负十次方，得到了一批序列。那这批序列就可以认为是葡萄SBP基因家族的序列么？
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@skycc1986:理论上是可以这样认为的。
另外，不同物种的蛋白家族的个数是比较接近。如SBP domain在拟南芥中有10个，在其它物种也是大概10个~
你还可以试试基于hmmer的查找。~
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@O型天蝎座:额。。。基于hmmer的查找是什么意思 啊？什么网站。。
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@skycc1986:
隐马尔可夫模型。
pfam数据库
hmmer3.0软件
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@O型天蝎座:多谢。。。再问个啊。。那里能做几天蛋白质序列的二级结构分析啊。不是要一条一条的分析的。。最好能放一起比较
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@skycc1986: 噢。请重新开新贴~ 并且描述清楚哦。
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有个网站，看有没有你要的
http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/
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