博主你好！求助一个问题，我要做一个进化树，选择的序列有的是完全的有的是不完全的，不完整的大概是80%以上保留，而且我又不想扔掉这些不完整序列，我应该怎么办呢？是不是最好找到这些完整序列和不完整序列当中的那些相对应得片段进行比对。谢谢你！
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你可以用MEGA。。。。先利用mega里面的序列比对，它可以将不足长的序列通过补上-，补至全长。然后继续用MEGA进行进化树构建、遗传距离分析。
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如果长度差距太大那么这样进行全序列比对显然会有问题啊，如果长度差距小于百分之多少我们可以忽略呢？
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做蛋白模建的时候认为两序列之间相似度在30%以上的可以认为是同源的！
但是你的差距太大的话在做序列比对的时候可能对齐的就是最保守的区域。可能是其domain
但你要做进化树分析的话 结果可能不好！
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补充 进化树的bootstrp值可能不高！
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@bioinfor2009:
哦，很感谢你的回答。不过我想说的是如果序列长度相差太大比如一个1000一个800这样的是不是要挑选其中的结构与来比对呢？因为我的问题正好是不是相差很多（比如有许多序列是1000AA又有相当一部分是500AA那样很显然要取结构与比对）也不是特别少，谢谢！
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@bioinfor2009:
很感谢你的回答
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建系统发育树，比对的序列长度最好是一样长的，尤其要和使用的参考序列长度一致。否则，不完整的片段，无法解释。想一下就知道，不一样的序列比较有意义吗？而且一般比较都是可变区。
http://www.planta.cn/forum/viewtopic.php?t=20726
这是我在普兰塔上发的，参考一下。
此致
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这个问题不错，学习了
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@lucien: 好文啊。我要转载过来了。
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你好，我看了一下你的那个系统进化树的经验总结，确实很有帮助，我是新手，不知道以后可否互相交流，我的QQ359627190谢谢！
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