已经做过很多基因的查询，序列下载，聚类分析，还有比对等，但是觉得速度还是很慢，我把自己的整过过程简单描述一下，请版主和其他战友给我点好的建议。
1.序列查找和下载。NCBI genbank输入基因名称、片段等关键字search，然后一个一个ID号打开，复制序列保存到txt.格式中，保存。倘若有上百个序列，那就很麻烦，需要更多时间，这一步能否在线批量完成，我刚刚看到了教程：在NCBI批量（Blast：http://yunbio.com/49），或者 有更好的办法？
2.DNAMAN或DNASTAR进行序列aligment。根据不同的颜色区别挑选高度保守区，或者选择变异区。因为常用上述两个软件，不知还有什么更先进的软件，或者能否在NCBI网站进行具有类似DNAMAN或DNASTAR功能的操作，或者还有什么好的办法。
3.BLAST。常常使用NCBI的BLAST在线比对，这个还需进一步学习。
上面第三步的使用比较固定，想在第一第二步提高速度——序列下载和aligment！
望版主和战友给出更好的路线：）
序列批量下载好像已经很快了吧，直接全部下载就好了啊？
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不管如何，还是得在genbank查找基因获得基因的ID number，这个步骤是不能省略的！
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不明白第一步下载后还有一个个地分开保存。~ 从未需要这样
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每条序列分开保存后，适合DNAMAN和DNASTAR的后续分析，
DNAMAN和DNASTAR是不是只能用于多个单序列的比对分析？？？
谢谢耐心指导！
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@biobefreind:
谁说的啊。整个文件导入就是了。 ~~o~~
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即使可以这样，但是如果多到上百条序列的时候，DNAMAN左边栏中只出现基因的ID号，难以区分每条序列的来源，能否通过重命名的方法让左边名称栏可以区分种属名称，这样更加直观的知道不同序列的来源？怎么操作？请教
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几乎每天都来你这，都找不到留言的提交按钮在哪里，原来可以在你这注册，还能进后台。强大！
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@goldmove:
留言框。这么大的post your answer 你都看不到？？
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@biobefreind:
玩生物信息的人都需要会一门语言的、自己会写个脚本。什么都复制粘贴，早累死人了。
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大批量的序列比对必须用clustalw服务器处理完成比对，然后可以导入mega4.0做后期处理可是图形界面！至于注释名过长问题，应该编程序将gi号与必要的信息绑定，其他信息可以去除！
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