请教个问题,我用perl匹配gbk文件，文件是多个gbk文件的集合，首先想吧annonation和dna分别匹配上，并且输出，更改了$/的值为每个GBK记录结尾的//，所以，一个record就是一个GBK文件，可是匹配完了发现，只能匹配上第一个记录，后面的都为空，实在搞不清怎么回事！源代码如下，求助！！！
my $filename = '3testseq.gb';
unless (open(GBFILE, $filename)) {
print "Cannot open GenBank file $filename\n";
exit;
}
Set input separator to "//\n" and read in a record to a scalar
local $/ = "//\n";
while($record=<GBFILE> ){
Now separate the annotation from the sequence data
($annotation, $dna) = ($record =~ /^(LOCUS.*ORIGIN\s\n)(.*)\/\/\n/s);
Print the two pieces, which should give us the same as the
original GenBank file, minus the // at the end
print RESULT "$record\n"; #打印record没问题，能匹配上每个文件
print RESULT "$annotation, $dna\/\/\n\n";
}#while
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我喜欢这种问题 。哈哈。
测试测试先。
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$record =~ /^(LOCUS.ORIGIN\s\n)(.*)\/\/\n/s
这个是要匹配什么啊？
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第一个括号里面是匹配gbk文件的所有注释部分，保存在$annotation里，第二个括号里面匹配DNA序列，双斜杠之前的部分，保存在$dna里，可是试了半天只能输出第一个GBK文件！郁闷无比。
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说白了，其实就是把好多个GBK重新打印一遍，但是已经分别保存在两个变量里了。方便做后续的操作！
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也可以用$1和$2分别保存，结果，打印了好几遍第一个GBK记录。。。。
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改为：
($annotation, $dna) = ($record =~ /(LOCUS.*ORIGIN)(.*)\/\//s);测试通过。
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@tatianaliu:
这种情况比较奇怪。从代码看不应该这样子的。
会不会你的例子文件里都是相同的啊~
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不是呢。测试文件是三个不同的记录。。。
刚才试了，应该不是匹配的问题，怀疑是变量声明的问题。。。郁闷。。。
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噢。你是说后面都为空。
那是你的匹配有问题了。 只对你的第一个gbk有效。
呵呵。不要太严格。 改成我上面哪样子的吧。
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改成($annotation, $dna) = ($record =~ /(LOCUS.*ORIGIN)(.*)\/\//s);了。可是结果还是只有一个文件。。。
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@tatianaliu:
那就要把你的3testseq.gb发给我测试测试了。应该是你这个文件的问题。
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好。。。。可是咋发啊。。。。发到哪里呢。。。。
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@tatianaliu:
发到我邮箱了。
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而且貌似那几个空格应该是匹配注释和DNA序列之间的部分，应该和下一个文件没关系啊。。。
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发了哦！帮忙看看吧！多谢啦！
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@tatianaliu:
有没有把#号改为@号的~~
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应该没有啊。。。。改了有啥用么?
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@tatianaliu:
汗。我是指邮箱哦、
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汗。。。。没有。。。。
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又发了。这回改了。。。
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离开一下哦....等回复。。。。
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@tatianaliu:
没事啊。正常输出啊。 三个都输出了。
只不过你的testseq.gb里最后多了一行。所以多输出了一个空的结果而已。
把最后一行去掉。
测试通过。
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这是什么语言啊？
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@柳城:
啊！为什么啊！就是一样的代码么？我死活死活死活出不来！！！天理啊！
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@柳城:
你能把你测试用的代码完整的发个给我么？多谢啦！
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@竹纤维:
ｐｅｒｌ啦，喜欢的话推荐你看Beginning Perl for Bioinformatics．
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@tatianaliu:
跟你的代码一样的了。
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我匹配出来结果打印了几遍第一个记录.....晕死了.@柳城:
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@柳城:
貌似我的问题在每个记录之间的空行上,手动删除这个空行就匹配正确了,可是,NCBI上下来的数据每个中间就有个空行啊，难道都手工修改？不修改就是输出很多遍第一个记录。
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@tatianaliu:
改为：
($annotation, $dna) = ($record =~ /(LOCUS.*ORIGIN)(.*)\/\//s);
我不是说了改为了这个嘛~~ 你的多了个^
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是哦 !
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