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您好!看了您的用misa和primer3结合使用批量设计SSR引物的帖子,从ncbi下了一个物种的EST序列进行SSR搜寻,misa分析完了以后,具体如何用primer3对misa的结果进行SSR引物的批量设计不会了,盼您能指点迷津!谢谢。

有点相关的问题

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    每段序列的目的序列不一样,可以批量动作么?

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    2

    详看:http://liucheng.name/457/

    用misa分析完后。

    用p3_in.pl – 创建 Primer3的输入文件。

    再用primer3批量设计引物。

    再p3_out.pl – 解析Primer3设计引物后的输出文件。

    就完了。

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    3

    用p3_in.pl – 创建 Primer3的输入文件怎么特别大啊?27854条EST序列的primer3输入文件超过100G了,正常吗?柳城再帮帮忙吧?

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    @柳城:用p3_in.pl – 创建 Primer3的输入文件怎么特别大啊?27854条EST序列的primer3输入文件超过100G了,正常吗?柳城再帮帮忙吧?

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    @soleadonis:

    的确不大正常。可能你运行错误,造成死循环了。

    拿一小点数据作作测试嘛。

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    cannot execute ../src/primer3_core at p3test.pl line 61什么意思啊?劳驾柳城再帮看看

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    @soleadonis:

    p3test.pl是什么啊?

    /src/primer3_core是什么? 字面意思就是不能执行这个咯。

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