我用mega4构建的进化树好像有些问题。换了很多种model和方法得到的bootstrap值都有些特别小的值，有的分支甚至为0.按道理的话这样得到的树是不可信的。我看文献一般得到的树的bootstrap值都在90~100之间。我的问题究竟出在哪儿呢？该怎么改进？烦请赐教啊~
我多重比对的序列大概有15条左右（也试过只建树其中的某几条序列），均属一个科的序列（主要为该科的三个不同的种），是用同一对引物扩增同一个编码区后获得的片段，长度均在300左右，彼此长度差异很小，多重比对和建树（NJ和ME MP 都试过）的参数为默认，bootstrap的replication值勾选的是1000和2000甚至5000都试过，不胜感激！
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这种情况还真没见过 是不是同源性差啊
要不把 序列贴出来看看 呵呵
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可以把序列贴出来。叫楼上的帮你运行看看。~~
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序列如下：
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是直系同源序列吗？试过贝斯方法吗？
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直系同源的。为啥楼主构建的tree的bootstrap值也这么低啊 问题出在哪儿呢？
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拿这个问题问了导师，他说问题就是出在序列同源性太高。LZ提供的序列几乎完全相同，在bootstrap的时候很难取到差异位点，于是出来的树都是多分枝（星状）的，没法重复出相应的拓扑结构，所以bootstrap值反而小。这种情况下建树意义不大，不如直接分析alignment上发生突变的位点。
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谢谢~
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@zephyr: 原来还有这回事。学习了~~
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学习了
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来看看
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