我用mega4构建的进化树好像有些问题。换了很多种model和方法得到的bootstrap值都有些特别小的值，有的分支甚至为0.按道理的话这样得到的树是不可信的。我看文献一般得到的树的bootstrap值都在90~100之间。我的问题究竟出在哪儿呢？该怎么改进？烦请赐教啊~
我多重比对的序列大概有15条左右（也试过只建树其中的某几条序列），均属一个科的序列（主要为该科的三个不同的种），是用同一对引物扩增同一个编码区后获得的片段，长度均在300左右，彼此长度差异很小，多重比对和建树（NJ和ME MP 都试过）的参数为默认，bootstrap的replication值勾选的是1000和2000甚至5000都试过，不胜感激！
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这种情况还真没见过 是不是同源性差啊
要不把 序列贴出来看看 呵呵
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可以把序列贴出来。叫楼上的帮你运行看看。~~
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序列如下：
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4●
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是直系同源序列吗？试过贝斯方法吗？
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直系同源的。为啥楼主构建的tree的bootstrap值也这么低啊 问题出在哪儿呢？
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拿这个问题问了导师，他说问题就是出在序列同源性太高。LZ提供的序列几乎完全相同，在bootstrap的时候很难取到差异位点，于是出来的树都是多分枝（星状）的，没法重复出相应的拓扑结构，所以bootstrap值反而小。这种情况下建树意义不大，不如直接分析alignment上发生突变的位点。
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谢谢~
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@zephyr: 原来还有这回事。学习了~~
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学习了
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来看看
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@zephyr:谢谢你回答的这么好，我也有个问题就是：
什么时候建树意义才大呢？看了一些总是不明白，有些描述与blast比对结果是一样的
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在做同源模建的时候，只有氨基酸序列相似度在30%以上才有意义。同样在构建进化树的时候，也应该控制在这个值，构建才有意义，只是个人经验，我现在构建4000多条流感病毒蛋白的进化树，就是这样做的！
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具体构建进化树入门请参看关于进化树的经典文献 Phylogeny for the faint of heart: a tutorial
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一般来说，如果序列较少的话，推荐使用UPMGA来建模，它得到的结果更准确些。另外，UPMGA特别适合差异较小的数据。最后，关于Bootstrap检验时，replication的值取1000基本上就适合了，没必要无限制的增加。
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