《各位好，请教一个系统发育树构建的技术问题~急待解决》的评论 http://yunbio.com/566 生物信息学(Bioinformatics)的快速问答系统 Thu, 17 May 2012 02:15:39 +0000 hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 作者：Sophie http://yunbio.com/566/comment-page-1#comment-910 Sophie Thu, 10 Mar 2011 00:10:30 +0000 http://yunbio.com/566#comment-910 一般来说，如果序列较少的话，推荐使用UPMGA来建模，它得到的结果更准确些。另外，UPMGA特别适合差异较小的数据。最后，关于Bootstrap检验时，replication的值取1000基本上就适合了，没必要无限制的增加。<p class="top-comments">Current score: <span class="top-comments-karma" id="karma-910">1</span> <small>(to vote for this comment, please visit the site)</small></p> 一般来说，如果序列较少的话，推荐使用UPMGA来建模，它得到的结果更准确些。另外，UPMGA特别适合差异较小的数据。最后，关于Bootstrap检验时，replication的值取1000基本上就适合了，没必要无限制的增加。

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]]> 作者：bioinfor2009 http://yunbio.com/566/comment-page-1#comment-877 bioinfor2009 Thu, 03 Mar 2011 00:04:26 +0000 http://yunbio.com/566#comment-877 具体构建进化树入门请参看关于进化树的经典文献 Phylogeny for the faint of heart: a tutorial<p class="top-comments">Current score: <span class="top-comments-karma" id="karma-877">0</span> <small>(to vote for this comment, please visit the site)</small></p> 具体构建进化树入门请参看关于进化树的经典文献 Phylogeny for the faint of heart: a tutorial

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]]> 作者：bioinfor2009 http://yunbio.com/566/comment-page-1#comment-876 bioinfor2009 Thu, 03 Mar 2011 00:01:24 +0000 http://yunbio.com/566#comment-876 在做同源模建的时候，只有氨基酸序列相似度在30%以上才有意义。同样在构建进化树的时候，也应该控制在这个值，构建才有意义，只是个人经验，我现在构建4000多条流感病毒蛋白的进化树，就是这样做的！<p class="top-comments">Current score: <span class="top-comments-karma" id="karma-876">1</span> <small>(to vote for this comment, please visit the site)</small></p> 在做同源模建的时候，只有氨基酸序列相似度在30%以上才有意义。同样在构建进化树的时候，也应该控制在这个值，构建才有意义，只是个人经验，我现在构建4000多条流感病毒蛋白的进化树，就是这样做的！

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]]> 作者：gaojing http://yunbio.com/566/comment-page-1#comment-875 gaojing Wed, 02 Mar 2011 14:26:32 +0000 http://yunbio.com/566#comment-875 <a href="#comment-400" rel="nofollow">@zephyr:</a>谢谢你回答的这么好，我也有个问题就是： 什么时候建树意义才大呢？看了一些总是不明白，有些描述与blast比对结果是一样的<p class="top-comments">Current score: <span class="top-comments-karma" id="karma-875">0</span> <small>(to vote for this comment, please visit the site)</small></p> @zephyr:谢谢你回答的这么好，我也有个问题就是：

什么时候建树意义才大呢？看了一些总是不明白，有些描述与blast比对结果是一样的

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]]> 作者：竹纤维 http://yunbio.com/566/comment-page-1#comment-407 竹纤维 Fri, 16 Jul 2010 12:26:26 +0000 http://yunbio.com/566#comment-407 来看看<p class="top-comments">Current score: <span class="top-comments-karma" id="karma-407">0</span> <small>(to vote for this comment, please visit the site)</small></p> 来看看

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