chr1
atctaaaggggccccccccc........（文件大小是160M）
现在想取其中一段序列，比如123456bp-12345678bp的序列
由于是一般的电脑，只有2G内存，因此bioperl的模块用不了，内存存不了那么大的序列，这种情况下怎么才能把序列取出来呢？
谢谢大家帮帮忙！
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用perl的substr函数不可以吗?
2●
要内存溢出
61●
可以用Biopython的 SeqIO.index()函数，这个函数不把序列存到内存里，只是存序列在文件中的起始位置
24●
参考 http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc56
24●
嗯嗯，谢谢，去学习下
61●
用linux下cut命令是最方便的了。
先把序列变成一行。
再用cut，
cut -c 123456-12345678 file_name
362●
对一条序列是cut掉了，但是，对需要多条序列，有没有批量的方法？
61●
@rebeccajiejie:
自己写个脚本批量cut就是咯
362●
思路呢？
谢谢柳同学
61●
@rebeccajiejie:
#!/usr/bin/perl
while(<>){
chomp;
$result = `cut -c$_`;
chomp($result);
print $result,"\n";
}
362●
好了，谢谢万能的柳同学啦
61●
@rebeccajiejie: 嘿~
362●