GO便是Gene Ontology。

前言请看：如何在NCBI实现大批量数据的一一对应

corelboy 的问题

帮他AD一下先：欢迎访问我的网站 http://www.bu-pathology.com ，我主要是做病理和医学图像分析的

想请教一下，这些大批量的数据在Linux下如何对应的具体操作步骤。比如我有一个list的geneID 我想跟GO item对应起来，应该怎么做？需要什么工具？望不吝赐教，谢谢！

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在NCBI下载gene2go.gz文件

用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov（windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具）。cd gene/DATA（windows下依次找到gene/DATA这个文件夹）。ls一下，里面的文件大概有:

ftp ftp.ncbi.nih.gov
cd gene/DATA

ncftp /gene/DATA > ls
ASN_BINARY/         gene2sts         gene_refseq_uniprotkb_collab.gz
ASN_OLD/            gene2unigene     go_process.xml
gene2accession.gz   gene_group.gz    mim2gene
gene2go.gz          gene_history.gz  misc/
gene2pubmed.gz      GENE_INFO/       README
gene2refseq.gz      gene_info.gz

里面有个gene2go.gz。下载下来。解压。

get gene2go.gz
gunzip gene2go.gz

一个list的geneID

如这个文件命名为：gene.list

linux下的代码

for i in $(cat gene.list);do echo $i#`grep "\<$i\>" gene2go`;done

最好在特定的物种里查询，如人的是9606。避免不必要的重复。

for i in $(cat gene.list);do echo $i#`cat gene2go | grep "^9606" | grep "\<$i\>"`;done

~完