1，test.fa (>test1_fa >test2_fa >test3_fa >test4_fa >test5_fa >test6_fa >test7_fa )
cap3 test.fa -p 93 > test.fa.cap3
得到 test.fa.cap.singlets （>test1_fa >test3_fa >test5_fa >test6_fa）
2，
cap3 test.fa.cap.singlets -p 93 > test.fa.cap.singlets.cap3
得到 test.fa.cap.singlets.cap.contigs，而 test.fa.cap.singlets.cap.contigs 不为空！
求解释
附 test.fa 的序列
test1_fa ATAATATGCAGAATGTATCAAATTTTATAGTAAGTTGTTGCTACAAAACTTCTCATAAGTGAATACTATGGTGGGTCTAATTTTTTTAAACCCTTGGATAAGCAATAAATTTATGCTGTACAGATTCAACACAACTAATGTTCATTTGTTTTAAGGAAAGGAGTAAAATAGTGTGCTCAATTGTTAGGTATCAGAAACCACCCCAGTAATGCAGTTTTTGACAGTTGACCTACCCTATCTCATGCTGTATAGTAGATTGGATAATTGAGGCATTACTGTAAATAAATATTTGCATATGAATAACTTCATCCTCC test2_fa CACAAACCAAACTTGAAAAGTAATAATTAATCCTTAAGTGATAATTTTAGGGAAGCCTCATCTTACATCTTCACATACATCAAGGTAACTAACAATTCTGATCCATTTGCCCCATCAACCACTTGCCAAAAACAAAATTGAATTTTGCATTTTCATTCCATACATGTTCATATCAATACTGTTTTCTGAAGTACTTTCTGCAGTACAACAAACAAGTTTATGAAAACCCCAAATTACTGGGAAGATATGAAAATTATTTTC test3_fa GAAAATAGCTTCAGATTAAGAAAAACGAGAAATGAATACATTTGGCTGAAATGGATAAGGTATTGCCTGTAGGTAATTGGCTCTTTTGATCTCTGTAGTATTATGCATACGAAACTGCCTCAGAGAAACTATTCAGTAAGTGCAATGGTTTTTCAGTAGTAATATAGAAGTATATAAAGTCCAAACACTGGAAAGCTTAGTTTCATTGTATTTTAGACAATAATAATATACAATAAACTTTTTGGGTAAATAAATAACAGGTACTAATTTTGCAACAAC test4_fa CAGCCAGTTCTTAGCAATGGGTTTGCTTTGGCAAGCTAATTTGGCAGCAAATAGACTATTAAACCATATTAAGATATTAAACATCAATATCTCATCTAATGGTGATACATCATTACCTGCTGATTGTCTATCTATCATGGGCTTTACATACACATGAAATATTTTTACACTTATGGAATGTTTAATGAAGCAATGACAATCTCAGTGCCTTGTTTCAAGAAAACAAAGCATCCAGCCATACAGGAATTTCACAACTAAAGTACAGTAACAAGGAATAGCATTTGGTGGGTAAAATTGGAATAACTAATGTAAAAAGG test5_fa CTTCCTGTTTGTCATTTGCCATAATTAGGCTTGGACTATTATGAAGTCAACTAAGATTCTTTTATTACTCACCTCCACCAAGACTAAATTTTCCAATTACAAAAGCATGCATAGATGTCTACAATTTTAGGCAAAATTTAGGAAAGGTATTATGGTGTACAACTTCAAACATGAAAACTGGTCAAGATCAAAAAGTGCTCCAGTGTTCACAATTTCTGGATGAAGTTAATATGCAGGCCACCACCCTCAGAGTAATAAATGGTTGACAGTGAAGTTATCCTAAAAATCAAAATGTCGTTAATCAAGGCATAAATGCAAATAATTATAGTTACATCCTTACTACTACAACTGCGTAACATCATTTCCTATCTTCTTCAAATTATTAGCTTCTTACCCATAATCTATTTGCAAAATCAATGAAAAGTACATTGCCATCTTCGCTGTTGGCTGGATACTTTTAAATATTAAATTCTACCATATTACTCGGTGAGTCTTCTATTAGAATGTTATGCATTACACAACCTTCACTTTTACTGGATCTATCTAGCTAAATAGATTTTTAAAATATAGGTGCCTTAGTATTTTTTTGCATATGACAATGCTCTTTGTAAAGACACCAT test6_fa TGCTAGTAACATATATGGTGTCTTTACAAAGAGCATTGTCATATGCAAAAAAATACTAAGGCACCTATATTTTAAAAATCTATTTAGCTAGATAGATCCAGTAAAAGTGAAGGTTGTGTAATGCATAACATTCTAATAGAAGACTCACCGAGTAATATGGTAGAATTTAATATTTAAAAGTATCCAGCCAACAGCGAAGATGGCAATGTACTTTTCATTGATTTTGCAAATAGATTATGGGTAAGAAGCTAATAATTTGAAGAAGATAGGAAATGATGTTACGCAGTTGTAGTAGTAAGGATGTAACTATAATTATTTGCATTTATGCCTTGATTAACGACATTTTGATTTTTAGGATAACTTCACTGTCAACCATTTATTACTCTGAGGGTGGTGGCCTGCATATTAACTTCATCCAGAAATTGTGAACACTGGAGCACTTTTTGATCTTGACCAGTTTTCATGTTTGAAGTTGTACACCATAATACCTTTCCTAAATTTTGCCTAAAATTGTAGACATCTATGCATGCTTTTGTAATTGGAAAATTTAGTCTTGGTGGAGGTGAGTAATAAAAGAATCTTAGTTGACTTCATAATAGTCCAAGCCTAATTATGGCAAATGACAAGCAGGAAGATTTGAAGAAAAATGTTTATTTGGTTTGGAAAGTGAAAACTAACAACTTCATGATGAAAAAATATTCAAAGCCATACTTTCAAGATGCTTTTCAGTGTCAAGATAATAGCTGAGTAGAAGACATTTTTGCACAGTATGCCTTACAGTGGGATGGCATGGTTGGTGTATTTTGTGTCATTATATCTAGAAATATGCTTGGTAATAATATGCAGAATGTATCAAATTTTATAGTAAGTTGTTGCTACAAAACTTCTCATAAGTGAATACTATGGTGGGTCTAATTTTTTTAAACCCTTGGATAAGCAATAAATTTATGCTGTACAGATTCAACACAACTAATGTTCATTTGTTTTAAGGAAAGGAGTAAAATAGTGTGCTCAATTGTTAGGTATCAGAAACCACCCCAGTAATGCAGTTTTTGACAGTTGACCTACCCTATCTCCTCATGCTGTATAGTAGATTGGATAATTGAGGCATTACTGTAAATAAATATTTGCATATGAATAACTTCATCCTCCTGAAGCTCTTCATTCCATGTTTTTTTGGCAGATATTAAGTGATAAATTGTGAAAATAGCTTCAGATTAAGAAAAATGAGAAATGAATACATTTGGCTGAAATGGATAAGGTATTGCCTGTAGGTAATTGGCTCTTTTGATCTCTGTAGTATTATGCATACGAAACTGCCTCAGAGAAACTATTCAGTAAGTGCAATGGTTTTTCAGTAGTAATATAGAAGTATATAAAGTCCAAACACTGGAAAGCTTAGTTTCATTGTATTTTAGACAATAATAATATACAATAAACTTTTTGGGTAAATAAATAACAGGTACTAATTTTGCAACAACTTCATTCTGTTTTTATTGGGATATTTCCTTGAAATATTTTTCTGTTGCATTAGACATTCAATATTTTGCCTTTTTACATTAGTTATTCCAATTTTACCCACCAAATGCTATTCCTTGTTACTGTACTTTAGTTGTGAAATTCCTGTATGGCTGGATGCTTTGTTTTCTTGAAACAAGGCACTGAGATTGTCATTGCTTCATTAAACATTCCATAAGTGTAAAAATATTTCATGTGTATGTAAAGCCCATGATAGATAGACAATCAGCAGGTAATGATGTATCACCATTAGATGAGATATTGATGTTTAATATCTTAATATGGTTTAATAGTCTATTTGCTGCCAAATTAGCTTGCCAAAGCAAACCCATTGCTAAGAACTGGCTGCTTAATGTGTTATTTCAGTGACTGACATGTCTTCCTTCTTGAGTAATGTAATTTAAATTTCGAGAAAATAATTTTCATATCTTCCCAGTAATTTGGGGTTTTCATAAACTTGTTTGTTGTACTGCAGAAAGTACTTCAGAAAACAGTATTGATATGAACATGTATGGAATGAAAATGCAAAATTCAATTTTGTTTTTGGCAAGTGGTTGATGGGGCAAATGGATCAGAATTGTTAGTTACCTTGATGTATGTGAAGATGTAAGATGAGGCTTCCCTAAAATTATCACTTAAGGATTAATTATTACTTTTCAAGTTTGGTTTGTGGTGCTTCATACTTATTTTTTAACCCATCTATATATTCAGATGGAAGAATAGTGCTTGATTTAAGTTTCTGCTTGCTTTGTGTTTTGTTATGTTCAGTAAACTGTTGTTAGATTATTATTATGGTTATGAAATGATACGATATGAAAAAATGGAGAATATTTTTGTGAATTGGTGGGTAATGTTTTACTCTGTTGCTGTTACTCTTTTATTAAAACTGAAATAAAGGCATATTTAAGGAAATAAAAATTCTTGCCATGTCCCGGTTGGTGGGATGGTCCTTTTTAGTGTATTTTTTTTCTAGTCAAGTTGTCCCTA test7_fa TTTTCTTTATTAAATTGTTCATGGGCTCCAAACATAGGGACAACTTGACTAGAAAAAAATACACTAAAAAGGACCATCCCACCAACCGGGACATGGCAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTATTTCAGTTTTAATAAAAGAGTAACAGCAACAGAGTAAAACATTACCCACCAATTCACAAAAATATTCTCCATTTTTTCATATCGTATCATTTCATAACCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATTCTTCCATCTGAATATATAGATGGGTTAAAAAATAAGTATGAAGCACCACAAACCAAACTTGAAAAGTAATAATTAATCCTTAAGTGATAATTTTAGGGAAGCCTCATCTTACATCTTCACATACATCAAGGTAACTAACAATTCTGATCCATTTGCCCCATCAACCACTTGCCAAAAACAAAATTGAATTTTGCATTTTCATTCCATACATGTTCATATCAATACTGTTTTCTGAAGTACTTTCTGCAGTACAACAAACAAGTTTATGAAAACCCCAAATTACTGGGAAGATATGAAAATTATTTTCTCGAAATTTAAATTACATTACTCAAGAAGGAAGACATGTCAGTCACTGAAATAACACATTAAGCAGCCAGTTCTTACCAATGGGTTTGCTTTGGCAAGCTAATTTGGCAGCAAATAGACTATTAAACCATATTAAGATATTAAACATCAATATCTCATCTAATGGTGATACATCATTACCTGCTGATTGTCTATCTATCATGGGC
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1●
没看明白是啥意思~~
362●
最初的七条序列 test.fa (>test1_fa >test2_fa >test3_fa >test4_fa >test5_fa >test6_fa >test7_fa ) 在cap3 （-p 93）中(>test2_fa >test4_fa >test7_fa) 被拼接成一条序列，而 （>test1_fa >test3_fa >test5_fa >test6_fa） 被认为是 singlets 没有被拼接，
将刚才得到的 singlets 序列(>test1_fa >test3_fa >test5_fa >test6_fa), 按 同样的参数（-p 93） 运行 cap3 ,却被拼接成了 一条 序列 。。
也就是cap3的拼接似乎不彻底，部分符合条件的序列，并没有被拼接。。。
2●
@find:
的确是。。 具体不知。。去问软件的作者吧。
可能就是这样设计的。。 有什么因素让剩下的没法在第一步cap3时拼接了。
有时cap3 singlets的序列是需要的。
362●
我还想问下楼主，为什么选择cap3呢，cap3拼接和phrap拼接哪个好些呢？
原理都一样的吧？
61●
right
try more
5●