博主好！
我有５００个蛋白序列想比较他们和小鼠，大鼠的同源性。
是不是就是把这５００个序列放到一个文件里面。序列之间如何分割，出来的结果的排序是什么样的？
另外比较的参数如何设置。
有点相关的问题
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- 同源树和系统进化树 (0.885)
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要做Blast肯定是放在同一个文件里了。为什么要分割呢？
出来的结果的排序列一般是按E值最小到最大排。。
比较的参数，用正常的Blast参数也就可以的了。。。
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@柳城:
序列文件里面： 蛋白A序列 蛋白B序列。。。。。。。
2者之间不分割，Blast的结果会不会混乱呢？ 这样我无法区分blast 的结果。不知您能否给出一个多序列blast的例子参考一下。
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你的分割是什么意思。fasta格式的序列文件不需要做任何处理 直接就可以blast
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@lion:
先去搞清楚什么是Fasta格式。
然后看看上面文章中的 “相关问题”~~~
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用UltraEdit notepad 等任何文本编辑器都可以对文本进行编辑
>seq1
your seq1
>seq2
your seq2
.......
文本中 首行以>开始 第二行为序列的 格式就是fasta格式
目前我没有发现自动生成fasta格式的软件 都是自己程序生成的
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谢谢楼上的。
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