现在手上有10个blastn －m 9的结果，想要把所有能比对上的query ID和subject ID提取出来以后求这10个结果的交集，但是不会写代码干着急，求助帮忙～
我要的是各自query ID和subject ID，然后求这十组数据的交集
blast －m 9 结果示例：
query id, subject id, %identity, alignment length, mismatches,gap openings
isotig1138 NODE_2836 100.00 20 0 0
isotig1139 NODE_2354 100.00 20 0 0
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perl中使用BPlite模块可以提取blast中各项信息，你把那模块下载下来，仔细看看里面的说明，应该就可以了
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不想写代码的话。
要我说，导入excel处理还更好呢。
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excel对行数有限制，数据太多，显示不了全部。想写代码，但是在学习中，自己还写不出来。工作又不能等，只有求助了，唉
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@jingxy:
那倒是。 你会linux 还是perl?
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见笑了，今年2月份换了工作才开始接触linux，没几天，二者都属于初级阶段
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@jingxy:
把完整的前几行贴出来看看。。
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# BLASTN 2.2.19 [Nov-02-2008]
# Query: isotig11382_length_828_1_F1
# Database: ../EST_addlength.fna
# Fields: Query id, Subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap openings, q. start, q. end, s. start, s. end, e-value, bit score
isotig11382_length_828_1_F1 isotig11382_length_828 100.00 20 0 0 1 20 373 392 2e-04 37.4
# BLASTN 2.2.19 [Nov-02-2008]
# Query: isotig11382_length_828_1_R1
# Database: ../EST_addlength.fna
# Fields: Query id, Subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap openings, q. start, q. end, s. start, s. end, e-value, bit score
isotig11382_length_828_1_R1 isotig11382_length_828 100.00 20 0 0 1 20 812 793 2e-04 37.4
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用linux命令处理这些简单的处理是很容易的。
~假设你这个文件名为m9.blast
cat m9.blast |grep "^[^#]"|awk '{print $1,$2}'
过滤#开头的行，只留下有用的。另外取出第一列($1)，和第二列($2)。根据你的意思，只取 Query id, Subject id嘛
~用sort排序，用uniq -d 取出重复行，就是有交集的部分。
cat m9.blast |grep "^[^#]"|awk '{print $1,$2}'|sort|uniq -d
~你有10个文件。用cat命令一步搞定. 文件名用空格隔开。下面列举3个。
cat m9.blast_1 m9.blast_2 m9.blast_3 |grep "^[^#]"|awk '{print $1,$2}'|sort|uniq -d
~上面是直接显示的。如果要输出到文件。完整命令如下。
cat m9.blast_1 m9.blast_2 m9.blast_3 |grep "^[^#]"|awk '{print $1,$2}'|sort|uniq -d >output
这样应该是完成你的要求了。其实用-m8不是更好嘛。。
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高手！跪谢了！
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@柳城:前辈，blast的-m 1-9哪里有解释的啊？？？请教一下
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@zhangjian995:
你可以重新开问题提问的。
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恩，以后会注意的，我在网上找到答案了，谢谢！！
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学习了，谢谢
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