博主你好！小弟不是第一次来这取经了，这次又遇上麻烦了，希望博主能赐教：
1.做blast的时候，小弟遇到了一个有“Matrix”的选项，里面有：
PAM 30
PAM 70
BLOSUM 80
BLOSUM 62
BLOSUM 45
这几个选项，小弟不知道该如何选择。
2.选择数据库的时候，小弟也不知道该选哪个，小弟用的核酸序列比对：
masked assembly
unmasked assembly
Frozen gene catalog
all gene model(transcripts)
filtered gene model(transcripts)
chromosome or scaffolds(transcripts)
EST or Reagent seq
期待博主的指导！谢谢！
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你在哪里做blast啊？
没有给个链接么?
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http://genome.jgi-psf.org/cgi-bin/runAlignment?db=Dappu1&advanced=1
http://wfleabase.org/blast/
这两个上面做BLAST
2●
还有就是小弟不太明白alignment应该用BLAT还是BLAST……
2●
@马刺今天输球了:
1, Matrixr的选项，你点击链接就有说明的了。自己细看说明。
http://genome.jgi-psf.org/docs//matrix_info.html
2， 你给的第二个链接打不开。
选哪个数据库是根据你的需要而定的。 我不知你期望出来什么结果。我怎么知道。~
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