有时简并碱基出现在3'端的引物中，对PCR扩增影响如何？ 还是同时设计两条引物（不用简并碱基）对扩增结果比较好？

已经做过很多基因的查询，序列下载，聚类分析，还有比对等，但是觉得速度还是很慢，我把自己的整过过程简单描述一下，请版主和其他战友给我点好的建议。 1.序列查找和下载。NCBI genbank输入基因名称、片段等关键字search，然后一个一个ID号打开，复制序列保存到txt.格式中，保存。倘若有上百个序列，那就很麻烦，需要更多时间，这一步能否在线批量完成，我刚刚看到了教程：在NCBI批量（Blast：http://yunbio.com/49），或者 有更好的办法？ 2.DNAMAN或DNASTAR进行序列aligment。根据不同的颜色区别挑选高度保守区，或者选择变异区。因为常用上述两个软件，不知还有什么更先进的软件，或者能否在NCB...

在NCBI获得的FASTA格式的序列，如果要保存到本地的txt.格式的文件中，是不是还需要自己手动一个一个的复制粘贴到文件中保存，有没有批量下载保存到txt.的方法？