在GO数据库中查找模块功能，如果下面先了goa_ecoli或goa_human， 网址http://go.princeton.edu/cgi-bin/GOTermFinder 那么上面输入基因的格式应该是什么样的呢，我试了好几个数据库里的格式，都不对啊。
chafall
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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有没有做蛋白质相互作用网络比对的人呢，求教
我最近在仿真ISORANK算法（就是一种网络比法算法）。。应用的两个网络，分别是E.coli和H.pylori蛋白质网络，最后找到最大公共模块有113个结点，这找出来的是不是有点大啊。。。如何判断最后网络比对算法是不是好的呢。。。大家有什么建议。 我的做法是想判断最后找出的模块在数据库里的匹配率有多高，因为这个113个结点的模块结点数较多，下面就想到先聚类，把它分解成小模块，再查找，不知道这种方法有效不？。。。附这113个结点有1500多条边，可以说还是很紧密的。...
十二月 12th, 2010 10:17 chafall
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关于如何查找蛋白质模块的功能
我做的是对一个蛋白质相互作用网络（Ecoli）进行聚类，得到了小模块，现在想查询其功能，看这模块找出来的效果咋样，一般是在MIPS和GO中查找，对吧！ 可是我的源数据是从DIP从下载的，蛋白质的名称全是类似DIP-2432N,DIP-563N这种类型的，而这种格式在MIPS和GO中不识别。。。。我的想法是在DIP数据库中通过查询结点，把DIP-2432N转化成MIPS中的结点，可好像现在这服务取消了啊。。现在我咋办，有没有哪个数据库直接识别上述名称的没。。。或还有其它的什么办法么？ 谢谢...
十二月 12th, 2010 10:10 chafall
