最近用RNAfold做二级结构预测，得到的结果形式如下： 序列： UUCUCUCAGCAAUGGGUAUUCUUAAUGCAAUAAUACUUGAUCAGAUGUGAUAUUAUUGCUUGAGAAUACACGUUGCUUUGACAGGGCG 结构表示：.(((.(((((((((.((((((((((.(((((((((.....(((....)))))))))))))))))))))).))))))..))).)))... 1、有没有软件或者脚本可以直接把上面的结构更直观的显示如下图（在miRbase看到的），有的数据库还可以吧G：U配对标出来： --u c -- [...]...
geckox
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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motif搜索结果的含义
我用gimmemotifs搜索motif得到这样的图示结果，可是下面对应的GTrkATwTG中r、k、w的含义不知道是什么意思，在这个软件的说明中也没有找到对应的说明，不知道有没有知道的。
九月 30th, 2011 16:56 geckox
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genebank注释中提取3'UTR
我想从genebank格式中提取3'UTR序列，可是没有找到3'UTR的标志，想知道genebank注释中哪段是标示3‘UTR？
六月 10th, 2011 10:57 geckox
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批量序列如何进行Go和kegg的分析
现在手上有一批通过microRNA预测出来的靶标序列，想对它进行GO注释及富集还有kegg pathway的分析，但是现在不知道该怎么下手，也不知道该用什么样的软件，有没有高手给点建议的，最好是能够本地化的处理，总觉得通过网络不太稳定~~...
六月 1st, 2011 1:02 geckox
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求GeneScan或其他ORF搜索软件
最近有较多序列,需要搜索其ORF框,使用网页版的工具会很费力,看到有介绍GeneScan,可是怎么都没找到下载的,如果谁有的话可否发到我邮箱,geckox@163.com,或者推荐一下还有没有其他什么好的软件.谢谢.
三月 23rd, 2011 22:11 geckox
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请教预测miRNA靶标的软件
最近需要预测昆虫的miRNA靶标，找到了miranda和TargetScan两款软件，不过这两款都是从同源性角度预测的，而且比较老，想问问有没有什么新的，比较好的软件，需要时本地版的，请高手指点，谢谢。
三月 11th, 2011 15:39 geckox
