云生物 » havocor

各位说一下以下这段话他的意思是不是???

havocor — Wed, 09 Mar 2011 04:52:03 +0000

各位说一下以下这段话他的意思是不是：对切割（split）后得到的任何单外显子转录本进行舍弃？？？谢谢.

We also check the
lengths of introns and split predicted transcripts at introns exceeding
200 kb if the coverage of the parent
protein is less than 95%. We reject
any resultant single-exon transcripts, as
we have observed that long introns are
often either the first or last introns in a
genewise prediction.

请问一个mrna是不是算一个基因？？谢谢～

havocor — Sun, 09 Jan 2011 06:47:07 +0000

如：
gi_68349618_gb_AAGK01000009 genscan mRNA 4239 7909 . + . ID=G000001;Type=multi-exon;
gi_68349618_gb_AAGK01000009 genscan CDS 4239 4335 0.841 + 0 Parent=G000001;
gi_68349618_gb_AAGK01000009 genscan CDS 7701 7909 0.648 + 1 Parent=G000001;
gi_68349618_gb_AAGK01000009 genscan mRNA 14356 25124 . + . ID=G000002;Type=multi-exon;
gi_68349618_gb_AAGK01000009 genscan CDS 14356 15547 0.034 + 0 Parent=G000002;

请问上面一个mrna是不是算一个基因？？
还有第五列及第七列的 “." 或者数值表示神马意思？？
thank u ～

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请问在找出几个物种的染色体上的共线块后，如何将同源基因（orthologs & inparalogs)定位在共线块上，然后将某一物种的特异性基因找出来？

havocor — Wed, 20 Oct 2010 04:08:30 +0000

RT
THANK YOU IN ADVANCE!

貌似经常没人理我的。。。是不是因为我没回答过问题。。。。

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havocor — Sat, 09 Oct 2010 01:14:58 +0000

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请问如何把同源基因ROMOVE 掉?...

havocor — Thu, 30 Sep 2010 02:18:26 +0000

RT , THANK U ALL IN ADVANCE!

请问如何把同源基因ROMOVE 掉，找出NOVEL GENES...比如，运行了inparanoid.pl & multiparanoid.pl 等流程后，找出了同源基因，是不是可以把同源基因（gene families ) ROMOVE 掉，然后找出NOVEL GENES?

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