有没有谁用过R中的maanova包，用于对芯片数据做方差分析找出差异表达基因的。在用fitmaanova()函数时，要对计算的模型进行定义，除了定义计算公式外（一般是Dye+Array+Sample），还要对random或者covariate变量进行定义。该怎么定义呢？我的芯片是双色cDNA芯片。...
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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请教芯片数据分析
我的芯片是双色cDNA芯片。我用R中的limma完成了背景校正和芯片内及芯片间的归一化。这样得到一个MA的数据。我想用maanova包做方差分析寻找差异表达基因，但是maanova要求导入的数据为信号值，这样就不能直接用limma归一化的结果。我是这样想的。M和A和信号值有换算关系。 根据公式，列个方程，用归一化后的M和A值推出相应的Cy5和Cy3的信号值。再导入到maanova中分析。不知道这样的处理合不合理？...
五月 23rd, 2011 16:40 newopening
