之前使用ClustalX，都没有出现问题，但这回我使用的是500-800条的序列，fasta文件中包含引物A扩增产物、引物B扩增产物和标准全长序列，使用完全比对，发现引物B的序列都出现了位置错配，本该与标准序列的400bp处开始匹配，但是好像没有比对过似的在开始的100bp就对齐了，并且后续的碱基也与其他类别的序列没有对齐。这类序列单独比对的时候是没有这个问题。难道对于这种比对，需要修改比对参数吗？我都是默认设置。realign也是同样的结果。 希望哪位行家予以解答。 图示是我比对的部分展示：其中下半部分是我所说的引物B的序列，很明显与中间的以及上部的引物A的序列比的乱七八糟。实际上，这些序列是有高达96%的相似度的。...
pica
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微生物行为学，外交策略。 |
