rt,现在得到了2个材料基因组序列,想要分析2个材料中那些基因差异比较大,并在差异位点设计引物。用什么方法比较好呢? 我把一个材料的基因(A)和另外一个材料的基因组(B)做了blast,但是不能有效读出差异位点的具体位置。请大家帮忙想个方法吧。谢谢啦...
rebeccajiejie
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这家伙很懒,什么也没留下。 |
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本地化blast的问题
大家遇到过could not calculate ungapped karlin altschul parameters due to an [...]
十月 19th, 2010 17:42 rebeccajiejie
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从一条染色体中取特定的序列
chr1 atctaaaggggccccccccc........(文件大小是160M) 现在想取其中一段序列,比如123456bp-12345678bp的序列 由于是一般的电脑,只有2G内存,因此bioperl的模块用不了,内存存不了那么大的序列,这种情况下怎么才能把序列取出来呢? 谢谢大家帮帮忙!
七月 20th, 2010 20:18 rebeccajiejie
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ncbi 的orf finder
dna序列能直接去orf finder么? 我觉得这个问题好弱啊,但是我真的迷糊了。虽然有内含子序列,但是orf是基于起始密码和终止密码来的吧,那用dna得到的orf的部分应该和cdna去检测的结果差不多吧?
四月 11th, 2010 11:04 rebeccajiejie
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有没有查询基因表达数据的网站呢?
比如说,我有一批基因,我想知道其中那些基因已经有表达数据了,geo里面能找吗?我看了下,貌似不能根据序列来查询。柳同学讲下geo的用法吧
四月 3rd, 2010 13:51 rebeccajiejie
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ncbi的gene数据库
gene数据库里选定的基因怎么不能下载fasta格式的呢? 比如说,我选定的20个基因,在display里面怎么没有fasta格式的呢? 其他的格式貌似都 没有序列,how can i get the sequence? 不会只能一条一条点吧?
三月 25th, 2010 13:47 rebeccajiejie
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e-pcr的问题
本地化做e-pcr老是出问题 warning:1 STSs have ambiguities within W of 3' end [...]
三月 24th, 2010 0:18 rebeccajiejie