rt，现在得到了2个材料基因组序列，想要分析2个材料中那些基因差异比较大，并在差异位点设计引物。用什么方法比较好呢？ 我把一个材料的基因（A）和另外一个材料的基因组（B）做了blast，但是不能有效读出差异位点的具体位置。请大家帮忙想个方法吧。谢谢啦...
rebeccajiejie
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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本地化blast的问题
大家遇到过could not calculate ungapped karlin altschul parameters due to an [...]
十月 19th, 2010 17:42 rebeccajiejie
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从一条染色体中取特定的序列
chr1 atctaaaggggccccccccc........（文件大小是160M） 现在想取其中一段序列，比如123456bp-12345678bp的序列 由于是一般的电脑，只有2G内存，因此bioperl的模块用不了，内存存不了那么大的序列，这种情况下怎么才能把序列取出来呢？ 谢谢大家帮帮忙！
七月 20th, 2010 20:18 rebeccajiejie
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ncbi 的orf finder
dna序列能直接去orf finder么？ 我觉得这个问题好弱啊，但是我真的迷糊了。虽然有内含子序列，但是orf是基于起始密码和终止密码来的吧，那用dna得到的orf的部分应该和cdna去检测的结果差不多吧？
四月 11th, 2010 11:04 rebeccajiejie
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有没有查询基因表达数据的网站呢？
比如说，我有一批基因，我想知道其中那些基因已经有表达数据了，geo里面能找吗？我看了下，貌似不能根据序列来查询。柳同学讲下geo的用法吧
四月 3rd, 2010 13:51 rebeccajiejie
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ncbi的gene数据库
gene数据库里选定的基因怎么不能下载fasta格式的呢？ 比如说，我选定的20个基因，在display里面怎么没有fasta格式的呢？ 其他的格式貌似都 没有序列，how can i get the sequence? 不会只能一条一条点吧？
三月 25th, 2010 13:47 rebeccajiejie
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e-pcr的问题
本地化做e-pcr老是出问题 warning：1 STSs have ambiguities within W of 3' end [...]
三月 24th, 2010 0:18 rebeccajiejie
