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如何找2个材料基因组间的差异

rebeccajiejie — Tue, 02 Nov 2010 13:55:31 +0000

rt，现在得到了2个材料基因组序列，想要分析2个材料中那些基因差异比较大，并在差异位点设计引物。用什么方法比较好呢？
我把一个材料的基因（A）和另外一个材料的基因组（B）做了blast，但是不能有效读出差异位点的具体位置。请大家帮忙想个方法吧。谢谢啦

rebeccajiejie — Tue, 19 Oct 2010 09:42:01 +0000

大家遇到过could not calculate ungapped karlin altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation
这种提示么？

我从基因组中取50bp的序列，放回基因组比对的时候老出现这个问题提示，然后就是 No hits found *

请教大家是怎么回事呢？

rebeccajiejie — Tue, 20 Jul 2010 12:18:44 +0000

chr1
atctaaaggggccccccccc........（文件大小是160M）

现在想取其中一段序列，比如123456bp-12345678bp的序列

由于是一般的电脑，只有2G内存，因此bioperl的模块用不了，内存存不了那么大的序列，这种情况下怎么才能把序列取出来呢？
谢谢大家帮帮忙！

rebeccajiejie — Thu, 22 Apr 2010 07:30:23 +0000

柳同学，讲下kegg的用法吧

rebeccajiejie — Sun, 11 Apr 2010 03:04:49 +0000

dna序列能直接去orf finder么？
我觉得这个问题好弱啊，但是我真的迷糊了。虽然有内含子序列，但是orf是基于起始密码和终止密码来的吧，那用dna得到的orf的部分应该和cdna去检测的结果差不多吧？