手上拿到番茄果实的EST大概有8万多条，需要进行拼接，但是直接用cap3进行拼接的话，比较消耗时间，速度也慢。想请问各位大大，如何将这8万条序列进行cluster聚类，然后在小类里面可以cap3，最后把所有小类里面的结果进行cap3呢？ 能写个脚本最好了。。 拜托各位高手了...

以前利用hmmer检索序列时也是边学边做,现在想仔细疏通下整个过程,有个问题想问问. 以前都是利用拟南芥的一些蛋白序列构建hmmer文件,然后用hmmer文件来检索源蛋白序列文件. 我想问下. 一, 构建HMMER文件时,是不是把这些序列进行比对,然后要去掉首尾相似度较低的部分,然后再构建HMMER文件啊? 二, 我看到有的文章中说从pfam数据库中下载到hmmer文件,作为检索文件.但是如果我要做一个基因家族的检索,而这个家族都含有一个共同的功能域,在NCBI上也能搜到它的号,比如PF00123,有这个号之后怎么构建HMMER文件啊? 四, 能拿来做核酸序列的检索么?我之前都是蛋白检索蛋白的.能核酸检索核酸么?   [....

有没有人知道，怎么进行NCBI的accession号转换呈gi号阿。。。我从ncbi的batch entrez下载GI号，提示Your session has expired. Please repeat your search.。。这两天都这样。。 我有的是accession号和很多序列的Genbank文件。有没有方法能根据accesion号从GB文件中提取相应的GI号呢？ [...]...

你好。手上有个存有GI号的文件，然后得到了另一个GI号的文件，其实就是前者中的部分GI号，怎么能去除掉第一个GI号文件中所有包含在第二个GI号文件中的GI号呢？

以前就试过在mac下安装bioperl，但是始终没有成功。今天上网搜了很多方法。试过   >perl Build.PL >./Build test >./Build install 而且是root下进行的。也显示一大堆处理过程。最后不知道怎么看是否安装成功了。运行perl Bio::Perl也没有反应，提示没有这个文件夹。。 [...]...

在得到序列比对结果后会有一些符合要求的序列，知道了accession或者GI号的话，怎么从原始序列大文件中提取出这些序列呢？谁能帮帮我阿

我想查找葡萄中的SBP转录家族的序列信息，不知道怎么找，能教教我么。 我看了些文章，但是都不详细，我试过两个方法，就是不知道对不对，接下去怎么处理。 一个是，拿拟南芥转录家族的所有基因对葡萄EST数据库进行比对，然后将结果进行拼接，但这样，还是得到很多序列 二是，那SBP domain 氨基酸序列对葡萄EST数据库进行比对，结果再进行拼接，这样得出的序列较少，但是这些序列的CDS序列以及氨基酸序列我不知道该怎么查找出来了，而且要和拟南芥做聚类分析以及氨基酸比较分析，我不知道这些序列对应拟南芥哪些序列进行分析？ 在线等求教。。。。。...