SSR分子标记了得到的1/0数据，现在想做出进化树，而且得到bootstrap值。目前试了phylip和mega，都没能成功，估计是我没有找到正确的方法。网上有个教程是Genetic distance measures，我琢磨了很久之后发现它针对的是sequence处理后得到的gene frequency，不知道这样可不可以用？ 最后，有谁知道方法的啊，求解答啊！...
Sophie
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我其实很勤快，但我还是什么都没留下。 |
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如何查询一段核苷酸序列是否处在编码区上？
现有一堆gSSR，想确定一下它是不是eSSR。翻译过来，我个人觉得就应该是题目的意思了。 求助专业人士之后，提供我一个解决方案：blastx。确实能解决问题。 向各位达人诚征其它的解决方案。 Ps，我研究的物种是水稻，全部测序完毕。这应该是一个极有用的信息。 ...
七月 6th, 2011 8:57 Sophie
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SSR到底该有几条带？
最近一直在做SSR方面的实验，一直在纠结一个问题——SSR到底应该有几条带？通过多方查证，我大致这样理解。 SSR出现多态性主要是因为基序（Motif）的重复次数不一样，而不同个体之间会存在突变，从而导致多态性的发生。但是，应该强调的一点是，SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下： SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列，所以才能设计单一的特异引物扩增条带，故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性，只是一个等位位点的突变。 所以在PCR时，最好摸索清楚最佳的工作条件，得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小，SSR扩增出来很可能就是一条带，为了不给以后的读带工作带来更多麻烦，还是需要在前面的工作中多花些...
五月 28th, 2010 9:00 Sophie
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如何在线linux？
本人现在需要使用mapmaker，但是该软件要求使用非windows的其他系统，比如linux。但是我现在装的是windows系统。希望哪位高人指点一下如何在线使用linux，不甚感激！ Ps，我对linux系统完全没有任何概念，所以请各位答题时，详细一点，呵呵。非常非常感谢。...
三月 30th, 2010 8:54 Sophie
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如何大批量blast？
如何在windows7系统下进行大批量的blast。最好不要是linux系统的。之前曾经捯饬过这个系统，但是终究还是没有结果。 Ps，关于之前提到的“RM1~600是水稻的EST序列”，经过验证，我发现这句话不算正确，因为我在EST序列里面根本找不到序列，弹出来的只是GSS的相关信息。 我会再向提供信息的老师确认，并尽快将我认为正确的信息告诉大家。希望博主先把我之前的那条回复先删除了，免得引起别人的误会。文章题目是：武汉的温度持续上升到29度。 有劳博主。...
三月 29th, 2010 8:33 Sophie
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about genbank
请问，GenBank里面的序列都是gene吗？如果是，为什么我找的序列里面没有关于gene的描述呢？貌似只有一个sts的标注。
三月 27th, 2010 12:09 Sophie
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关于“NCBI对于gene_info的建议”
之前曾经问过Liucheng有关如何将序列定位在染色体上的问题，得到回复之后，觉得应该将他提到的那个疑问贴出来一下，就算也让大家也知道一下NCBI确实是提过这个建议的，尽管我搞了半天愣是没有看懂。呵呵。欢迎大家鉴赏一下啊。也请大家帮忙解决以下我这个问题——如何将序列定位在染色体。不甚感激！ 以下是这个建议的website。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/genefaq.html 其中重要的部分我截过来。 Ps,注册这个网站之后，我咋觉得，我们都将是未来的网站元老呢，呵呵，鉴于这个自私的想法，所以就立马添了一篇文章。呵呵.........
三月 16th, 2010 16:02 Sophie
