最近一直在做SSR方面的实验,一直在纠结一个问题——SSR到底应该有几条带?通过多方查证,我大致这样理解。 SSR出现多态性主要是因为基序(Motif)的重复次数不一样,而不同个体之间会存在突变,从而导致多态性的发生。但是,应该强调的一点是,SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下: SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列,所以才能设计单一的特异引物扩增条带,故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性,只是一个等位位点的突变。 所以在PCR时,最好摸索清楚最佳的工作条件,得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小,SSR扩增出来很可能就是一条带,为了不给以后的读带工作带来更多麻烦,还是需要在前面的工作中多花些...
Sophie
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我其实很勤快,但我还是什么都没留下。 |
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如何在线linux?
本人现在需要使用mapmaker,但是该软件要求使用非windows的其他系统,比如linux。但是我现在装的是windows系统。希望哪位高人指点一下如何在线使用linux,不甚感激! Ps,我对linux系统完全没有任何概念,所以请各位答题时,详细一点,呵呵。非常非常感谢。...
三月 30th, 2010 8:54 Sophie
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如何大批量blast?
如何在windows7系统下进行大批量的blast。最好不要是linux系统的。之前曾经捯饬过这个系统,但是终究还是没有结果。 Ps,关于之前提到的“RM1~600是水稻的EST序列”,经过验证,我发现这句话不算正确,因为我在EST序列里面根本找不到序列,弹出来的只是GSS的相关信息。 我会再向提供信息的老师确认,并尽快将我认为正确的信息告诉大家。希望博主先把我之前的那条回复先删除了,免得引起别人的误会。文章题目是:武汉的温度持续上升到29度。 有劳博主。...
三月 29th, 2010 8:33 Sophie
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about genbank
请问,GenBank里面的序列都是gene吗?如果是,为什么我找的序列里面没有关于gene的描述呢?貌似只有一个sts的标注。
三月 27th, 2010 12:09 Sophie
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关于“NCBI对于gene_info的建议”
之前曾经问过Liucheng有关如何将序列定位在染色体上的问题,得到回复之后,觉得应该将他提到的那个疑问贴出来一下,就算也让大家也知道一下NCBI确实是提过这个建议的,尽管我搞了半天愣是没有看懂。呵呵。欢迎大家鉴赏一下啊。也请大家帮忙解决以下我这个问题——如何将序列定位在染色体。不甚感激! 以下是这个建议的website。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/genefaq.html 其中重要的部分我截过来。 Ps,注册这个网站之后,我咋觉得,我们都将是未来的网站元老呢,呵呵,鉴于这个自私的想法,所以就立马添了一篇文章。呵呵……...
三月 16th, 2010 16:02 Sophie