最后，有谁知道方法的啊，求解答啊！

求助专业人士之后，提供我一个解决方案：blastx。确实能解决问题。

向各位达人诚征其它的解决方案。

Ps，我研究的物种是水稻，全部测序完毕。这应该是一个极有用的信息。

SSR出现多态性主要是因为基序（Motif）的重复次数不一样，而不同个体之间会存在突变，从而导致多态性的发生。但是，应该强调的一点是，SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下：

SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列，所以才能设计单一的特异引物扩增条带，故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性，只是一个等位位点的突变。

所以在PCR时，最好摸索清楚最佳的工作条件，得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小，SSR扩增出来很可能就是一条带，为了不给以后的读带工作带来更多麻烦，还是需要在前面的工作中多花些心思。

以上仅为个人见解，望大家指正。

Ps，我对linux系统完全没有任何概念，所以请各位答题时，详细一点，呵呵。非常非常感谢。

Ps，关于之前提到的“RM1~600是水稻的EST序列”，经过验证，我发现这句话不算正确，因为我在EST序列里面根本找不到序列，弹出来的只是GSS的相关信息。

我会再向提供信息的老师确认，并尽快将我认为正确的信息告诉大家。希望博主先把我之前的那条回复先删除了，免得引起别人的误会。文章题目是：武汉的温度持续上升到29度。 有劳博主。