现在遇到一个工作想用一下GATK中的FastaAlternateReferenceMaker组件，http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Creating_a_Fasta_Alternate_Reference_(incorporating_variants_into_the_reference) 但是被一大堆输入文件搞得晕头转向。-L path/to/intervals_file，这个intervals file的格式到底该如何生成呢？我的序列并没有那么多染色体或者需要处理和不需要处理的区域，只有一条序列，全部处理，我打印出了Sam的文件头，然后下面的起始终止区，正负链信息...
tatianaliu
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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perl匹配gbk文件问题
请教个问题,我用perl匹配gbk文件，文件是多个gbk文件的集合，首先想吧annonation和dna分别匹配上，并且输出，更改了$/的值为每个GBK记录结尾的//，所以，一个record就是一个GBK文件，可是匹配完了发现，只能匹配上第一个记录，后面的都为空，实在搞不清怎么回事！源代码如下，求助！！！ my $filename = '3testseq.gb'; unless (open(GBFILE, $filename)) { print [...]...
六月 13th, 2010 13:31 tatianaliu
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问个弱问题,NCBI上怎么下个线粒体环？
柳城，问个弱问题，想在NCBI上下几个物种的线粒体的基因组，但不是下序列，想下个环图。包括些主要的基因示意，但是在Map viewer上都是详细信息，能下特别特别大概的环图么？PPT上用，多谢啦！！
四月 23rd, 2010 17:11 tatianaliu
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使用perl批量处理文件?
终于可以发帖了！。。。。 我想用perl批量处理一批序列文件，就是每个序列单独一个文件，大概一百多个文件，想写个程序，把所有文件批量打开，做处理，然后再关上，改原文件或者生成个新文件都可以。 但现在不知道怎么能一次打开很多文件，文件句柄可以是变量么？...
三月 20th, 2010 19:52 tatianaliu
