问题求教。 有人做过预测调控miRNA的转录因子位点没有啊 一般用什么方法哦 提取miRNA上下游多长的序列进行预测比较合理呢 我查到 有调控miRNA的转录因子的数据库 比如 北大的transmiR ,CircuitsDB等 我还没有查到预测miRNA的预测转录因子结合位点的具体思路 求教...
tiomthy
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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如何批量下载SNP位点在中国人种（HCB）的等位位点频率？
如题所述，我有50个左右的SNP位点的rs号 我想找到其在中国人种中的突变频率 与我自己检测的100例样本做一个统计显著性差异检验（卡方检验） 问题是 我用batch entrez在NCBI的SNP数据库内没有找到中国人的突变频率。 rs1042522 rs1042526 rs10487888 [...]...
14 days, 12 hours ago tiomthy
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关于计算SNP位点的频率与正常样本SNP频率的差别除了卡方检验以外还可以用fisher 检验吗
假设：我有一个位点的在case和control的突变频数如下表 AA Aa aa cases 36 100 64 [...]
二月 2nd, 2012 22:58 tiomthy
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关于R里面gplots包画heatmap.2图的一个问题
我用以前写的heatmap.2写的热力学图 发现出了一个问题 在基因的个数在100到3000左右的范围内，图像会出现很多空白的横纹 这个是空白横纹如何去掉的 我想要得到一个比较完整的清晰的基因表达谱的热力学聚类图
一月 10th, 2012 15:01 tiomthy
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R语言中对矩阵做交集
举例： a1=t(matrix(letters[1:10],nrow=2)) >a1 [,1] [,2] [1,] "a" "b" [2,] [...]
十二月 25th, 2011 16:30 tiomthy
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如何批量的下载基因的start 和end数据
我通过表达谱芯片拿到一组差异表达的酿酒酵母的gene symbol 想找其在染色体上的start 与 end 例如： start stop Symbol [...]
十二月 14th, 2011 16:43 tiomthy
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blast2go启动不了
电脑配置：win7 旗舰版 64位 内存8G 下载了适用于64位win7的 java环境（jre-6u27-windows-x64） blast2go版本：我下载了适用于3G内存64位芯片的blast2go。。 但是 java web start 打开然后是下载应用程序 但快结束时候 [...]
九月 23rd, 2011 23:03 tiomthy
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limma预处理芯片得到的M值与A值之后是否可以转化回R与G
我利用limma处理双通道的芯片数据 library(limma) setwd("E:\\agilent") #输入目标文件 targets=read.table("targets.txt",header=T,sep="\t") #读取探针原始数据 RG<-read.maimages(targets$FileName,path="E:\\agilent\\rowdata",source="agilent") #背景矫正 RGb<- backgroundCorrect(RG, [...]...
九月 2nd, 2011 11:23 tiomthy
