我在tair上下载了Arabidopsis thaliana TAIR 10 cDNA数据（ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/ATH_cDNA_EST_sequences_FASTA/ ），只有基因的gi ID和序列。我想下载信息非常全的Arabidopsis thaliana TAIR 10 [...]
wutomg
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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关于AmiGO中Term Enrichment问题。
我有一些基因放到AmiGO中做了GO分析，之后对这些基因做Term Enrichment。用默认参数（Maximum p-value:0.01；Minimum number of gene products:2）分析没有富集到我想要的通路，但如果用allresults (no threshold parameters [...]
七月 12th, 2011 14:27 wutomg
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怎样批量获得与特定拟南芥基因号对应的NCBI GeneID、NCBI-gi或UniProt。
怎样批量获得与特定拟南芥基因号对应的NCBI GeneID、NCBI-gi或UniProt，拟南芥基因如AT5G59370 AT4G37770 AT4G33090 AT4G09650 AT1G61820 AT4G24890 AT2G35040 AT5G06100。请高手指点！
六月 14th, 2011 21:51 wutomg
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想对特定的拟南芥基因进行GO、Passway分析。
想对特定的拟南芥基因进行GO、Passway分析。在Tair上能对这些基因作GO分析，得到表格，但还想具体了解这些基因的pathway，得到网络图。不知应该如何去做？？需要对序列进行blast，再功能注译t吗（我会用blast2go）？由于是拟南芥的序列，什么软件可以直接输入基因号直接得到GO及passway的网络图？请高手指点。...
六月 7th, 2011 13:32 wutomg
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怎样可以批量下载特定拟南芥的基因序列。
我想批量下载拟南芥的一些基因序列，例如AT1G64100 AT2G03220 AT2G03210 AT1G14070 AT3G03580等等。直接把基因号输入NCBI的gene搜索中显示没有相应的基因。问题在哪？应该在哪如何下载呢？请高手指教。
六月 5th, 2011 21:06 wutomg
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预测target序列时应选择那个拟南芥数据库？
在http://biocomp5.noble.org/psRNATarget/?function=1网站上做miRNA target预测，想选拟南芥的数据库来预测target，但是有三个选择，Arabidopsis thaliana TAIR9, cDNA, removed miRNA gene, Released 06/19/2009; [...]
五月 30th, 2011 14:54 wutomg
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