大家好，我从一个Network Graph，按条件提取出了许多子图Ai；我现在想从中挑一些子图的数据拼成一个大点的图B，然后将它们可视化，凭眼睛找到我想要的更大的子图。 具体数据是这样的： (1) 400×400的矩阵数据保存在text1文件中 (2) 子图的顶点数据保存在text2文件中，实例如下 问题是: (1) [...]...
盛夏
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Pursing a degree in biology,
An emerging leader in personalized medicine,
A bioinformatics enthusiast,
and A believer in openness, sharing, decentralization and freedom.
Born in 1980s.
Located in Guangzhou, China.
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用R读入矩阵，创建Graph
大家好，我碰到个R编程的问题。我有个矩阵存在txt里，我想用它创建Graph，做后续分析。 read.table("", header=T) 之后我该怎么弄，用哪个包的哪个方法啊？ 我在Google和doc上半天了，没有找到怎么弄...
七月 16th, 2011 11:18 盛夏
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最优化问题-求最大子集
我这有个最优化问题，是关于求最大子集的，大家帮我想想吧。 问题的具体情形是这样的： 有一种指标dG，它能描述两两单链DNA互补杂交的热力学特征。我现在有400条DNA( 编号为0，1，2，3...399)，它们组成一个集合；我现在要从这个集合中找到一个子 集，这个子集里的任意两两DNA的dG值大于等于一个值（m=1）。因为符合这样条件 [...]...
七月 12th, 2011 11:00 盛夏
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关于“蛋白质fasta文件处理”的perl程序
大家好，我看了论坛上别人用bioperl写的程序，很犀利。我好奇的是如何直接用perl写。我尝试了这个硬方法（见笑）： while (<>) { chomp; if ( ! /^>/) { [...]
六月 23rd, 2011 21:32 盛夏
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大家帮我想想如何算出符合条件的最大子集
大家好，我现在有407条ssDNA，要预测任意两条ssDNA可能产生的最稳定的hetero-Dimer；同时从这个包含407条序列的集合中选出最大的一个子集，使子集中的任意ssDNA之间形成的 hetero-Dimer的min-dG在一个阈值之上。 比如这个阈值设为1kcal/mol。 现在我的思路是用贪婪算法：构建一个2维（407×407）的数组保存ssDNA之间的min-dG，选出含有min-dG>1最多的那一行；然后以这一行中符合条件的序列为一个集合，生成矩阵并得出含有min-dG>1最多的那一行；如此反复，到最后就算出了最大子集。 谁能帮我写出这个算法的代码？ ...
五月 22nd, 2011 21:23 盛夏
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谁能帮我处理一个序列分析报告文件？
这是这个序列分析报告文件的格式和正文： 24 dG = -1.85 6|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: [...]
五月 7th, 2011 14:59 盛夏
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有关perl中的split函数的问题
看源代码是碰到个问题想问下大家 下面这个perl code打开DG文件，并做相应的split处理： print "dGn"; safelyOpen *DG, '<', "$prefix.dG"; scalar [...]
五月 7th, 2011 13:14 盛夏
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请教如何用Perl分析ssDNA的Hairpin结构？？
RT,具体需求是这样的：分析fasta文件中的ssDNA序列，计算它可能产生的每一种发夹结构（hairpin structure）的径（stem）碱基个数和相应的detaG值，当存在detaG值 小于某个值（比如-1Kcal/mol）就排除这个ssDNA；输出满足条件的ssDNA的自身的detaG值和它形成的发夹结构的detaG值 和径碱基个数。CPDN中有能实现这样功能的模块吗，有谁熟悉吗？ 序列文件格式如下: >1|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 25 [...]...
五月 5th, 2011 22:11 盛夏
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请教Perl程序用于 去除含有多于3个连续相同碱基的序列
大家好，我有个问题请教下大家： 我现在有一个容量为10万的随机DNA序列库（fasta格式的），我要预筛选下这个库：去除含有多于3个连续相同碱基的序列。请问谁有相应的Perl程序，或者perl函数库中可有这样的程序？先谢谢大家了。
五月 3rd, 2011 15:45 盛夏
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请问这样的程序结构怎么样
我要做个DNA序列处理工具。我打算用java swing做界面，用perl做业务层。由于我对软件开发没有经验，想请问大家这样的设计，从程序实现上，合理吗，大家有更好的意见吗？
四月 13th, 2011 22:00 盛夏
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