生物信息学工作者大多数时候面对的都是纯文本数据（电子表格可以导出为纯文本），如果你在Linux平台下工作，系统自带的命令足以方便、高效得解决很多 问题。但如果你工作在Windows平台下，就没那么幸福了。如果你觉得自己算是Excel高手，那就继续使用它吧；如果你想更加简便、更加灵活得处理这 些纯文本数据，还需要另辟蹊径。 下面是我推荐的一些工具（除galaxy外，基本上推荐程度递减）： MobaXterm GNU utilities for Win32 CoreUtils [...]...
yixf
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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[专题]NGS（第二代测序）文献汇总
序： 下面是我认为比较重要的一部分文献，但个人所知有限，希望能够群策群力，继续补充完善，帮助别人、也帮助自己。 { }是分类，行首的[ ]表示软件名。 分类不是很清晰，有待完善。 {GENERAL} Zhang, J, [...]
六月 24th, 2011 9:50 yixf
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是不是有一个关于蛋白质fasta文件处理的帖子被删除了？
我记得有个人问了一个蛋白质fasta文件处理的问题，主要目的是： 提取序列的id和描述信息； 把单字母的氨基酸序列转换成三字母的表示。 我曾经在里面给出了一种解决方案。 为啥我找不到这个帖子了？被删除了吗？为啥？
六月 23rd, 2011 13:01 yixf
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[OT]前两三天是不是无法登录“云生物”？
我前两天（上周末和昨天，6.11-6.13）一直无法登录《云生物》。 看大家的回复好像都能正常登录，貌似只有我一个人遇到了这个问题。
六月 14th, 2011 8:07 yixf
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对FASTA格式的简单处理与统计的Perl程序
缘起 模仿lh3开发的网页版工具SeqTools 功能 1.格式化FASTA文件。 2.反向互补FASTA序列。 3.获取FASTA序列的长度。 4.计算GC含量并对ATGC计数。 5.搜索模式（子序列、motif等）。 改进 1.添加了GC含量的计算和ATGC的计数。 [...]
六月 1st, 2011 13:00 yixf
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获取基因组的子序列
大家好，我写了一个小程序，用来在线获取、本地保存基因组的子序列（如获取hg19的chr1:1000-10000），希望对大家有所帮助。详情参看（附有原始脚本下载）：http://yixf.name/2011/05/14/%E8%8E%B7%E5%8F%96%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E7%9A%84%E5%AD%90%E5%BA%8F%E5%88%97/ 下面是全部的代码： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; use [...]...
五月 17th, 2011 18:38 yixf
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基因间调控关系的数据库
刚刚接触基因调控与网络的东西，有哪位朋友知道有没有基因间调控关系的数据库。 我查了一下，没有发现，希望熟悉这方面的朋友给点指导。 谢谢！
三月 28th, 2011 18:25 yixf
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转录因子与其靶基因的网络图
我手头有一些人和小鼠的转录因子和几十个基因，现在想把它们绘制成一张网络图。所以现在我需要以下的数据： 1.每一个转录因子可以结合的基因； 2.每一个基因可以被那些转录因子结合。 我找到了TRANFAC这个数据库，但免费版的太老了，而且只能一个一个的手工查。 有谁熟悉转录因子相关的数据库或者软件工具之类的，能否推荐一下。 补充：如果我想对基因、基因之间的调节关系绘图，不知道那里可以得到相关的数据。 注意：物种是人和小鼠。...
三月 26th, 2011 8:23 yixf
