大家好！最近遇到一个奇怪的问题，在使用Primer3批量设计完引物以后，需要将.p3out文件和.misa文件整合。然后怎么弄都整合错误，总是提示"Primer modeling failed for XXXX sequences".最后出来的result文件只是简单的将.p3out的表头和.misa文件合并到一起，没有达到整合的目的。研究了几天，没找到原因。在使用Primer3的设计引物的时候曾遇到问题，可能是Primer3版本升级了，参考一些资料后将SEQUENCE=改为SEQUENCE_TEMPLATE=后正常使用。是否是因为PRIMER3版本的原因，里面的语句发生了变化？请各位大大赐教，不胜感激！ &nb...
zephyr0911
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这家伙很懒，什么也没留下。 |
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请问有人用usearch吗？有一个参数搞不懂，希望请教大家！
大家好！请教大家usearch参数 - -iddef 2和 - -band 1是什么意思呢？谢谢！
一月 12th, 2011 8:39 zephyr0911
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大家能推荐一个序列聚类软件不？
大家好！最近批量设计SSR引物，前几天终于搞懂了MISA和PRIMER3的用法，但是设计完引物后，衔接上注释发现其实很多序列可能是冗余序列，而且参考一些文献也发现都有设计引物前去冗余序列的过程，文献上提到的stackPACK发现衔接不能用了，如果还有什么好点的大规模聚类软件请给小弟推荐一个，谢谢了！...
一月 10th, 2011 15:50 zephyr0911
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MISA得到大量SSR，使用p3_in.pl时总提示错误。
大家好！我是MISA的新手，有一个转录组测序的库，想通过MISA开发一些SSR引物。已经通过MISA得到大量SSR，但是通过p3_in.pl转换的时候老是提示错误，如： $ perl p3_in.pl a.fa.misa Quantifier follows nothing in regex; [...]
十二月 27th, 2010 11:42 zephyr0911
