每年的年度 SCI 期刊的最新影响因子会在下一年度6月中旬左右出来。因此，2011年的 SCI 影响因子，实际应该在2012年才会出来。这次出来的影响因子则是统计的 2010年度的 SCI 期刊的影响因子Impact Factor。

2011/2010 最新SCI期刊影响因子下载|Excel版|SCI Impact Factor 2011/2010

下载链接：2011/2010最新SCI影响因子下载（Excel版）。

 

看看几个生物信息相关杂志的影响因子变化：

总体来说，有升有降~ 更多比较见这里。

其它年度的SCI影响因子下载：

2009最新SCI期刊影响因子下载

2010/2009最新SCI影响因子下载查询 Impact Factor

2011/2010最新SCI影响因子Impact Factor查询下载

来源：http://miss.ieph.net/archives/1582

http://liucheng.name/1895/

首先我还是简单介绍一下Gravatar头像吧：

其实，我们把那种个性头像叫Gravatar，现在大部分网站博客都支持这种头像。是一种全球通用头像。Gravatar的概念首先是在国外的独立WordPress博客中兴起的，当你到任何一个支持Gravatar的网站留言时，这个网站都就会根据你所提供的Email地址为你显示出匹配的头像。
最开始也是依附于WordPress，但现在，已经不仅仅局限于为WordPress提供服务了，已经被广泛的应用在各种web 2.0的服务中，比如最新的就是gmail和QQ邮箱都支持Gratavar，所以，有一个自己的头像还是很必要的。

有email就能注册头像了。另外注册与使用Gravatar均是完全免费的。

注册 Gravatar头像的1分钟步骤：

1、登陆 gravatar.com

2、填写你的邮箱地址。（这个邮箱地址必须是最常用的，因为在WordPress博客上留言的朋友知道，会需要输入一个邮箱地址，而且是必选的。）成功之后，会提示已经发送邮件到指定的邮箱。

3、登陆邮箱，点击激活链接

4、在 gravatar.com 页面添加头像 (头像是可以随时修改的，但是既然是全球通用，那最好来一个独一无二的。)

5、选择你电脑上的图、在线网络图片、用摄像头现拍以及选择之前上传的图

6、看我上传一个图片，按需裁切然后保存

7、最后给你的头像设定级别建议选 G 即可，一般网站默认支持 G。

8、Enjoy it！

头像评级

你的头像要被分级的，因为可能会有朋友喜欢用比较曝露的头像，会影响小朋友身心健康的说。如果你的图片不是特别那个的话，一般不用选择Sex或暴力之类的，直接选择G（通用型），这样基本任何网站都能显示这个等级的图片。

最后可能需要站方短暂审核一下，一般选择了G，而你的图片没什么特别的，很快就通过。一般遇上慢的情况也就10分钟左右。

头像缓存

在yunbio.com的头像设置了缓存时间。当修改完头像后，在这边的显示可能要等上一天后才能正常显示的。

从 （ 批量序列如何进行Go和kegg的分析：http://yunbio.com/1174 ）这篇文章里知道了KEGG要开始收费了。

马上去KEGG了解一下：

http://www.genome.jp/kegg/docs/plea.html

原文如下：

Starting on July 1, 2011 the KEGG FTP site for academic users will be transferred from GenomeNet at Kyoto University to NPO Bioinformatics Japan, and it will be available only to paid subscribers. The publicly funded portion, the medicusdirectory, will continue to be freely accessible at GenomeNet. The KEGG FTP site for commercial customers managed by Pathway Solutions will remain unchanged. The new FTP site is available for free trial until the end of June. 

原文如下：

I would like to emphasize that the KEGG web services, including the KEGG API, will be unaffected by the new mechanism to be introduced on July 1, 2011. Our policy for the use of the KEGG web site will remain unchanged. The only change will be to FTP access. 

看来是KEGG的FTP从7月1号开始就要收费了。 其它的服务不受影响。

KEGG FTP交给 NPO Bioinformatics Japan 管理。

Subscription的方法：http://www.bioinformatics.jp/en/keggftp.html

收费标准：http://www.bioinformatics.jp/docs/subscription_schedule.pdf

有没有比较熟悉的朋友谈谈呢~~ 

写了个插件。当有新问题发布时，隔30秒后会自动发送邮件给所有的注册用户。

现在是一封测试的通知邮件。 看看是否成功哦。

发送的邮件是:do_not_reply@yunbio.com

实际上是没有这个邮件的，所以回复邮件也是没用的哦。

如果你发现收到的邮件在垃圾箱里，可把此邮件加入白名单哦。

如果有BUG 或是 收不到邮件， 请留言通知哦。

另：这个空间，发送邮件不给力啊。比较慢。

祝，好！

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已取消即时发送邮件通知。更改为由用户自行选择订阅（订阅框在首页侧边栏）。

转载： http://www.planta.cn/forum/viewtopic.php?t=20726

关于DNA和功能基因系统发育树的速成方法

我写在自己博客里的，贴在这里是给那些像我一样迷茫的朋友一个参考，抛砖引玉啊！ 

最近忙系统发育树有点焦头烂额。 

我做的是ammonia oxidizing bacteria and archaea的系统发育树。不过目前已经对发育树的创建摸着了一点边了。 

把经验写下来，后来的革命同志可以节省很多时间。 

回顾一下，发现，学习系统发育树的构建，其实不一定要等拿到自己的DNA序列再进行。建议将来如果要构建系统发育树的同志。首先下载本方向比较好的几篇文献，根据上面构建的系统发育树，从NCBI上把这些序列统统的下载。然后你按照自己的理解看能否构建出和已发表的文章一样的系统发育树，当然可以采用一样的软化或者类似的软件，目前可以构建系统发育的软件和网站真的多如牛毛，最后会列出一些比较有名的网站。

我发现目前做功能基因的都倾向于将DNA序列先转换为amino acids再用NJ建树。 

下面再说说我的一些痛苦的经历。 

首先，我们会发现，所下载的序列是长短不一的。这就有个问题，该如何对序列进行剪切的问题。我采用的方法是先alignment，然后把两端不对齐的序列切掉，因为这样才能保证所有的序列比较都是同一保守区。当然因为alignment很重要，所有可以多试几种软件。关于参数设置的问题，我都是采用默认值。我也参考过有关书籍，说默认值绝大多数情况下都满足要求的。 

其次，我们还可以发现，有些参考序列里有一些N,S,M之类的字母，这说明该序列提交的作者也许是个马大哈。又有多少人真正做科研都那么严谨呢？？？而且事情也多，犯点小错误是很正常的。我在序列提交的时候也发现自己犯了不少的小错误，还好及时发现。我对这样的序列处理都是剔除掉了。当然如果你只利用DNA构建系统发育树，如果只有1－2个这样的字母也可以考虑留下，因为对于大量碱基，1－2个对于alignment的影响不是很大的。如果要做amino acids,因为涉及到DNA翻译的问题，因为从不同的碱基起始翻译还是有蛮大区别的。

所以当翻译是在这样的字母位置出现了stop,都不知道是这些字母引起的，还是DNA本身就会在这里停止呢？我请教了一下，我这个方向的小牛，他说没有太大关系。但是我心理还是觉得怪怪的，也许追求完美吧。因为我在构建系统发育树时，发现用DNA和amino acids构建的还是有差别的。大家也可以试一下。所以说目前我还没有完全了解系统发育树是怎么才叫正确的。 

第三，这个问题也是我在提交序列的时候才发现的。这就是你自己的序列一定要准确了。比如说我做的AOA,引物为Crenarchaeal amoA 23f /616r, DNA序列剪切之后的长度为629bp。但是，当我把所参考的文献作者所提交到genebank里的序列时发现，他们所提交的序列也是各不相同的，这样很让人困惑的，其中一个506bp，另外一个是534bp。我想这也许就是他们构建系统发育树时的长度。而且在CDS（gengebank 序列信息）这个注释里会发现，AOB和AOA是code start position是不一样的。所以啊，这个非常关键，尤其是要做amino acids发育树的。 我用自己的序列检测了一下，也是这么回事的。而且还发现有一个AOA序列有点问题，后来核对了一下原始的测序结果把错误纠正过来了。有个地方的碱基错误了，有个地方多了个碱基。 

第四，关于功能基因序列的检验。有很多软件都可以的，只要可以将DNA序列翻译成氨基酸序列的都可以。这里推荐两个，一个是网页版的：http://www.expasy.org/cgi-bin/lists?nameprot.txt , 在tools 里有个DNA > protein的，把序列黏贴上去就可以了，有6个答案的，先是5‘－>3', 从第1个，2个，3个碱基开始翻译，然后反向。没有stop的翻译才是可信的。另外一个是软件sequencher,网络上有demo版，没有盗版的。不过够用了。

DNA序列要从file >import 导入，然后点击你的序列，就可以弹出一个窗口，标题是你的序列名称，overview下面有个residue,在正下方有个数字，那个数字就是翻译的起点，开始是数字1，就是从第一碱基开始翻译，点击一下，就变成2了，你可以看到下面会出现对应的翻译结果，连续点3次，就可以看到三个结果了，不够这个软件只是从5‘到3’。如果想看反向的话，先要对DNA序列反向互补就可以同样操作。 下面翻译的结果，如果有点号的就表示氨基酸翻译到这里就中断了，所以有点好的翻译是不对的，这样就可以确定是从哪个碱基开始翻译了。如果发现自己序列有什么问题，也可以及时的查找错误，因为你有原始测序文件。这个只对功能基因有用。 

第五，如果要想做amino acids建树的话，在上面翻译结果的基础上就知道怎么剪切才是正确的了。 

第六，推荐几个网站和软件。 

1. 这个网站列出了几乎所有构建系统发育树的软件 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
2. 这个网站非常方便，从alignment到最好tree的出图都可以在上面实现，如果自己的计算机比较慢的话，可以考虑这个网站。http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/macosx.html，有个缺陷，好像windows不支持？ 
3. 这个网站对于处理简单的序列很方便，一般都能满足要求。http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html 
4. 这个网站对处理比较复杂和多的序列比较方便，http://www.phylo.org/， 这个网站的软件很牛的啊！
5. ARB, 优点是免费，可以构建DATABASE，序列增减方便，配合xfig出图很方便。缺点是需要LINUX系统，不能添加bootstraps. 
6. MEGA,免费，但编辑功能不是很好。应用者很多。

 总之，一个字，累！要学的东西太多。 

这些东西都是我自己的经验，自己摸索的。向别人请教也没有说得那么具体，只能给个方向而已，说了几乎等于没有说，尤其对于初学者来说，给的最多的建议是多看文献，多看书。所以我建议，如果想要学好的话，还是靠自己。不懂的在论坛上提问，和自己看书，比问你身边的人强。除非能够遇到热心又会教的同志。因为大家都很忙，可以理解的。