我从葡萄基因组数据库下了Vitis_vinifera_peptide_v1.fa ，然后用HMM文件，进行hmmsearch， 在Ubutu试了，没什么问题。但是换到windows后，一直说Error: Failed to open the sequence file Vitis_vinifera_peptide_v1.fa [...]
zycly86
|
Registered User
|
这家伙很懒，什么也没留下。 |
| 10 | Questions |
1
answer
29
views
4
answer
43
views
怎么把prosite 文件转成hmm
刚开始学HMMER，有一个蛋白domain的Prosite号，怎么能用这个号制成hmm文件，来用hmmsearch搜索我的目标蛋白数据库呢
三月 21st, 2012 21:29 zycly86
1
answer
71
views
Heatmap中的红绿渐变色怎么弄
我想用R画heatmap图，基因表达量高低想用红绿色表示，下调表达用绿色，上调表达用红色，希望大家指点一下，最好提供一下R代码，谢谢啦！！！
三月 3rd, 2012 17:22 zycly86
2
answer
33
views
有人用过dchip吗？
我想用dchip 做一个heatmap图，数据是Probe Set 和基因表达值(见截图)。用Analyis----- Get external data, 但是打不开文件，总是报错，{Get external data [...]
三月 2nd, 2012 20:59 zycly86
0
answer
30
views
Limma 分析求教
我想用Limma 分析芯片数据，看了网上一些代码，发现有这么一句，请问这个Number=20000, 是什么意思？ comp2 <- topTable(fit2, coef=2, adjust="BH", number=20000) [...]
三月 1st, 2012 9:22 zycly86
7
answer
102
views
1
answer
115
views
7
answer
93
views
怎么能确定我的基因是否在染色体基因组重复区域内
想研究葡萄中一个基因家族的进化，所以想看看它们是否在基因组的重复区内，怎么才能做到呢？ 希望指点一下， 物种是葡萄。下面有例图
六月 20th, 2011 23:40 zycly86
9
answer
204
views
18
answer
191
views
KEGG的蛋白怎么获取
查文献发现， 要找的蛋白序列只有KEGG的ID号，怎么能到KEGG数据库获取蛋白序列，请大家指点。 比如 KEGG Protein ID# 14714
六月 9th, 2011 16:32 zycly86
