Recent Questions

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数据提取

大家好, 有一文件,其格式为: 共3列,第1列是方位(north, west...),第2列是坐标,第3列是判定条件(共4个,A,B,C和D),(各列之间以tab隔开,且数据按照sort -k1 -k2排过序)。示例如下所示: east 10088649 B east [...]

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RNA二级结构

请问谁知道怎么获得多个RNA二级结构的CT格式文件 另外,我用rnafold预测了5_8S_rRNA_AAAA02038008_1的二级结构,不知道为什么,本来是170多个碱基,预测后的二级结构中才50多个呢?

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如何重复运行某一命令?

大家好, 我有一问题:如何重复地运行某一命令? 举例说明: 如果我要比对小鼠和人类的蛋白序列,首先用人类序列做formatdb,然后blastall。但如果我要拿100个物种和人类的蛋白序列比对的话,应该如何写这个类似批处理的程序呢?(为方便讨论,假设所有序列文件都在同一文件夹) 谢谢各位!...

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特定基因组blast 数据库对结果有何影响

在genome mapviewer 中选定特定的物种,然后blast,在blast界面database一栏,有Genome(referrence only),RefSeqRNA,EST,tRACEs-WGS,选不同的数据库数据会有什么差别? 我用非编码序列query,选Genome能有结果,而选RefSeq则不能找到具有显著相似性的序列,这是为什么?...

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如何用生物信息学的方法查找目的基因在基因组中的情况

如何用生物信息学的方法 查找目的基因在基因组中的拷贝数、该目的基因是否串联重复、与其连接的基因是什么基因?急用 谢谢!

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motif搜索结果的含义

      我用gimmemotifs搜索motif得到这样的图示结果,可是下面对应的GTrkATwTG中r、k、w的含义不知道是什么意思,在这个软件的说明中也没有找到对应的说明,不知道有没有知道的。

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基因组测序一个run代表什么意思??

基因组测序一个run代表什么意思??

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如何从EST数据中,提取出所有的大于1000bp序列!

盼望高人相助!

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请问,如何使用clustalw,批量处理文件!

现在有N多文件,需要进行clustalw,各位师兄师姐,请问,有什么好办法吗?

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在windows下,用perl实现clustalw的调用!

各位帮帮忙,看看这个调用应该怎么写?这样写第二句,为什么会报错啊?谢谢大家了!!! my $aln='$query.fa'; my $clustalw ="D:\Program Files\ClustalW2\clustalw2"; my $tempoutput='$query.aln'; my [...]

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用R读入矩阵,创建Graph

大家好,我碰到个R编程的问题。我有个矩阵存在txt里,我想用它创建Graph,做后续分析。 read.table("", header=T) 之后我该怎么弄,用哪个包的哪个方法啊? 我在Google和doc上半天了,没有找到怎么弄...

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怎么下载rRNA序列?

要选5个真核,5个原核

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最优化问题-求最大子集

  我这有个最优化问题,是关于求最大子集的,大家帮我想想吧。     问题的具体情形是这样的: 有一种指标dG,它能描述两两单链DNA互补杂交的热力学特征。我现在有400条DNA(   编号为0,1,2,3...399),它们组成一个集合;我现在要从这个集合中找到一个子   集,这个子集里的任意两两DNA的dG值大于等于一个值(m=1)。因为符合这样条件 [...]...

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同源克隆

要进行同源克隆如何获取需要克隆基因的保守序列?

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BioPerl vs BioPython

Python现在大有颠覆Perl在生物界的趋势,我个人认为这是无可厚非的,其实perl和python我都用过,都不精,只是直观的感觉python的code易读,不过我也喜欢perl奇怪的符号 我没接触过一丁点BioPython, 不过对BioPerl我是有点爱不释手的感觉。想请问一下有木有哪位有BioPython的编程经验,这个project现在发展如何,能否超越BioPerl? 虽然这个问题仁者见仁,我的主要目的还是考察一下这些projects发展情况。...

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