Recent Questions
0
answers
40views
3
answers
53views
9
answers
86views
如何重复运行某一命令？
大家好， 我有一问题：如何重复地运行某一命令？ 举例说明： 如果我要比对小鼠和人类的蛋白序列，首先用人类序列做formatdb,然后blastall。但如果我要拿100个物种和人类的蛋白序列比对的话，应该如何写这个类似批处理的程序呢？（为方便讨论，假设所有序列文件都在同一文件夹） 谢谢各位！...
2
answers
66views
特定基因组blast 数据库对结果有何影响
在genome mapviewer 中选定特定的物种，然后blast，在blast界面database一栏，有Genome(referrence only),RefSeqRNA,EST,tRACEs-WGS，选不同的数据库数据会有什么差别？ 我用非编码序列query，选Genome能有结果，而选RefSeq则不能找到具有显著相似性的序列，这是为什么？...
2
answers
116views
如何用生物信息学的方法查找目的基因在基因组中的情况
如何用生物信息学的方法 查找目的基因在基因组中的拷贝数、该目的基因是否串联重复、与其连接的基因是什么基因？急用 谢谢！
2
answers
71views
motif搜索结果的含义
我用gimmemotifs搜索motif得到这样的图示结果，可是下面对应的GTrkATwTG中r、k、w的含义不知道是什么意思，在这个软件的说明中也没有找到对应的说明，不知道有没有知道的。
3
answers
154views
基因组测序一个run代表什么意思？？
基因组测序一个run代表什么意思？？
3
answers
83views
如何从EST数据中，提取出所有的大于1000bp序列！
盼望高人相助！
7
answers
199views
请问，如何使用clustalw,批量处理文件！
现在有N多文件，需要进行clustalw,各位师兄师姐，请问，有什么好办法吗？
8
answers
150views
在windows下，用perl实现clustalw的调用！
各位帮帮忙，看看这个调用应该怎么写？这样写第二句，为什么会报错啊？谢谢大家了！！！ my $aln='$query.fa'; my $clustalw ="D:\Program Files\ClustalW2\clustalw2"; my $tempoutput='$query.aln'; my [...]
3
answers
181views
用R读入矩阵，创建Graph
大家好，我碰到个R编程的问题。我有个矩阵存在txt里，我想用它创建Graph，做后续分析。 read.table("", header=T) 之后我该怎么弄，用哪个包的哪个方法啊？ 我在Google和doc上半天了，没有找到怎么弄...
3
answers
71views
怎么下载rRNA序列？
要选5个真核，5个原核
5
answers
96views
最优化问题-求最大子集
我这有个最优化问题，是关于求最大子集的，大家帮我想想吧。 问题的具体情形是这样的： 有一种指标dG，它能描述两两单链DNA互补杂交的热力学特征。我现在有400条DNA( 编号为0，1，2，3...399)，它们组成一个集合；我现在要从这个集合中找到一个子 集，这个子集里的任意两两DNA的dG值大于等于一个值（m=1）。因为符合这样条件 [...]...
10
answers
293views
BioPerl vs BioPython
Python现在大有颠覆Perl在生物界的趋势，我个人认为这是无可厚非的，其实perl和python我都用过，都不精，只是直观的感觉python的code易读，不过我也喜欢perl奇怪的符号 我没接触过一丁点BioPython， 不过对BioPerl我是有点爱不释手的感觉。想请问一下有木有哪位有BioPython的编程经验，这个project现在发展如何，能否超越BioPerl? 虽然这个问题仁者见仁，我的主要目的还是考察一下这些projects发展情况。...
