举例： a1=t(matrix(letters[1:10],nrow=2)) >a1      [,1] [,2] [1,] "a"  "b" [2,] [...]

在genome mapviewer 中选定特定的物种，然后blast，在blast界面database一栏，有Genome(referrence only),RefSeqRNA,EST,tRACEs-WGS，选不同的数据库数据会有什么差别？ 我用非编码序列query，选Genome能有结果，而选RefSeq则不能找到具有显著相似性的序列，这是为什么？...

如何用生物信息学的方法 查找目的基因在基因组中的拷贝数、该目的基因是否串联重复、与其连接的基因是什么基因？急用 谢谢！

      我用gimmemotifs搜索motif得到这样的图示结果，可是下面对应的GTrkATwTG中r、k、w的含义不知道是什么意思，在这个软件的说明中也没有找到对应的说明，不知道有没有知道的。

基因组测序一个run代表什么意思？？

盼望高人相助！

现在有N多文件，需要进行clustalw,各位师兄师姐，请问，有什么好办法吗？

各位帮帮忙，看看这个调用应该怎么写？这样写第二句，为什么会报错啊？谢谢大家了！！！ my $aln='$query.fa'; my $clustalw ="D:\Program Files\ClustalW2\clustalw2"; my $tempoutput='$query.aln'; my [...]

大家好，我碰到个R编程的问题。我有个矩阵存在txt里，我想用它创建Graph，做后续分析。 read.table("", header=T) 之后我该怎么弄，用哪个包的哪个方法啊？ 我在Google和doc上半天了，没有找到怎么弄...

要选5个真核，5个原核

  我这有个最优化问题，是关于求最大子集的，大家帮我想想吧。     问题的具体情形是这样的： 有一种指标dG，它能描述两两单链DNA互补杂交的热力学特征。我现在有400条DNA(   编号为0，1，2，3...399)，它们组成一个集合；我现在要从这个集合中找到一个子   集，这个子集里的任意两两DNA的dG值大于等于一个值（m=1）。因为符合这样条件 [...]...

要进行同源克隆如何获取需要克隆基因的保守序列？

Python现在大有颠覆Perl在生物界的趋势，我个人认为这是无可厚非的，其实perl和python我都用过，都不精，只是直观的感觉python的code易读，不过我也喜欢perl奇怪的符号 我没接触过一丁点BioPython， 不过对BioPerl我是有点爱不释手的感觉。想请问一下有木有哪位有BioPython的编程经验，这个project现在发展如何，能否超越BioPerl? 虽然这个问题仁者见仁，我的主要目的还是考察一下这些projects发展情况。...

# hmmbuild :: profile HMM construction from multiple sequence alignments [...]

柳哥，先描述下出现的问题，做了几张基因芯片，得到了每一个探针的表达数据，返回的结果是在excel中的，通过分析我确定了其中的300多个是有意义的，现在想问一下我如何通过bioperl来从原始数据中，将我所需要的数据提取出来。也就是我现在知道需要数据的名称，想在原始数据中将这一整行的结果都输出出来？？ 还望各位赐教 L1 L3 L5 L7 L8 L10 L11 L12 [...]...