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求perl 程序 或思路~~
Clustal 9606|56786138 MKYTSYILAFQLCIVLGSLGCYCQDPYVKEAENLKKYFNAGHSDVADNGT 9598|114645729 MKYTSYILAFQLCIVLGSLGCYCQDPYVKEAENLKKYFNAGHSDVADNGT 9615|50978906 MNYTSYILAFQLCVILCSSGCNCQAMFFKEIENLKEYFNASNPDVSDGGS 9913|31982949 MKYTSYFLALLLCGLLGFSGSYGQGQFFREIENLKEYFNASSPDVAKGGP 10090|33468859 [...]...
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请教 Bioperl 安装及运行
望各位赐教: 我读了《DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)》对我帮助非常大。 我做的是真菌比较基因组学方面的,我需要利用Bioperl分析blast结果,但是我在安装Bioperl时遇到了问题。我的系统是XP的,我先安装IIS,然后安装Activeperl(是按照您书上给的步骤),在这之后安装Bioperl时,PPM总是没有响应,想向您请教一下这是什么原因?我该怎样解决呢?还有现在网站上有的Activeperl5.10.01008这一版本,这和书上所提到的Activeperl5.10.01005所需要的资源库是一样的吗?能否正确安装这与系统是否正版有关吗? 怎样运行啊?...
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KEGG使用
在这个站点搜了一下发现没有KEGG的相关内容哦~ 不知道博主对这个熟不熟悉啊,最好也能为大家整个啥教程的~~嘿嘿 我有大量的蛋白质序列数据,想要把他们用KEGG pathway 分类,不知道该如何进行~
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批量提取miRNA序列-perl
手头有几百个miRNA_name,想要得到相应的miRNA_seq 从miRBase下载了miRNA.dat,由于其是EMBL格式,于是利用BioPerl转换为了FASTA格式。 再利用perl按名字取提取序列。 可是,perl脚本中关于格式匹配,总出错,还麻烦各位看看。 $ head -n 6 miRNA.fa >cel-let-7 [...]...
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各位说一下以下这段话他的意思是不是???
各位说一下以下这段话他的意思是不是:对切割(split)后得到的任何单外显子转录本进行舍弃???谢谢. We also check the lengths of introns and split [...]
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primer3批量设计引物时总是提示input must be provided on standard input为什么?
primer3批量设计引物时总是提示input must be provided on standard input,格式检查过了,如下 PRIMER_SEQUENCE_ID=gi311063231_1 SEQUENCE=CCTTTGTTCTTTCTTTAAAATGGTTTCTTCTTCTTTTCCATTAACCCAAGTTTCACCTTCTTAATTCCTCTTTCATTTTCATCACTTCATGCATGAACTAGTTATCCTTAACCCTATATAAACTACCTATTTTCATCATTTTAACACTTCAATCATCCAAATCTAACATTTATTCACTTTTTCTCCTAAAGATATATACTATCTCTAAA...
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[求助:已解决]用正则表达式提取文件的问题
有这么一段FASTA序列: <html> <bodybgcolor=white> <pre> SSOURCE=<ahref="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Search&db=Nucleotide&doptcmdl=GenBank&term=AY013246">AY013246</a> RELDATE=01-OCT-2002 ANN_TSD=1-5,5178-5182 ANN_LTR=6-208,4976-5177 PROTEIN= >gnl|TREP|TREP22Retro...
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perl 按列合并文件
我有十几个文件,每个文件比较大,大概有十几兆吧,我需要把它们按列合并,linux下的paste命令,我用了一下,会有错误,不知道用perl怎么实现?
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求python代码
ID1 23 ID2 45 ID2 29 ID3 17 文件格式如上所述: 想要拿到ID唯一的输出,如果ID重复,则取第二列中数值较大的保留,总之输出结果中ID只能是唯一的一个 [...]
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关于fasta文件的合并
手头有若个个DNA的fasta文件,想把它们合并为一个fasta文件,请问如何用perl程序实现操作呢?谢谢各位大虾们。
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基因在染色体上的物理位置
各位好!我想请教下从哪里怎么获得某些基因(比如一组refseq gene)在染色体上的具体物理位置信息呢(比如从xx bps 开始,到xxbps结束)? NCBI有没有工具可以直接根据这些基因的位置生成染色体图呢?十分感谢!
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关于SSR引物设计的问题-请求援助
我想利用一些感兴趣的序列设计SSR引物,可难题是不会使用perl,所以柳城的那个方法更是看不懂了,那些软件的网站俺去看了,也都是程序语言,具体怎么用啊?望高手指点。 谢谢
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如何利用用perl编程取得100000个不相同的随机数?
rt 纠结很久了.....
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请问如何在服务器上运行R代码?
请问如何在服务器上运行R代码? 我在服务器上执行$ sudo apt-get install r-base 时, 其说:*is not in [...]
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linux中文本文件每一行是否都是默认存在一个\n\r,为何我在某些文本文件中每一行结束没找到\n,但是却可以换行?
RT linux中文本文件每一行是否都是默认存在一个\n\r,为何我在某些文本文件中每一行结束没找到\n,但是却可以换行?