大家好：     把测序数据uniq之后会得到每一条read对应重复了多少次。有paper说重复10次以下的read被认为是测序误差造成，要舍去。我的数据是拟南芥小RNA测序数据，里面有六分之一的reads其copy number都是一，这样舍去是否是太多了呢？     谢谢。...

    大家好。我现在想用拟南芥的测序数据比对Rfam中structural ncRNA，但是tRNA没有物种信息，我是直接用里面的9万多条tRNA序列拿来比对吗？tRNA虽然保守，可以这么做吗？我想是否应该有针对拟南芥的tRNA序列呢？

假设：我有一个位点的在case和control的突变频数如下表     AA Aa aa cases 36 100 64 [...]

1、我做活性污泥样品中种群多样性分析，克隆测序得到了三种菌的序列，其中有一种菌的序列片段长度<200bp，提交到NCBI时，对方答复对于<200bp的序列片段不予接收，解释了好半天又提交了一次，结果还是不予接收。请问可否提交到其他的数据库？譬如DDBJ和EMBL。 2、比如一共有50条序列，按97%的相似度分属5个OTU，这50条序列需要全部提交到数据库中还是只提交5个OTU的代表克隆子的序列就可以？（相关的参考文献中好像这两种情况都有） 3、如果不是2中的情况，是不是100%一样的序列可以只提交一条，还是说实验得到多少条序列，全部都得提交（这些序列文章中都会用到）？ 谢谢！  ...

如果有一组微生物基因是 co-expressed (基于 microarray 数据）, 要如何找出它们的cis-regulatory motif? 假设它们都是被同样一个 regulator 控制的。 [...]

terminate called after throwing an instance of 'mapped_file::ErrorMMap'   what():  [...]

        组装RNA-seq的数据后，不能确定是由于组装产生的还是因为本身发生啦同源重组才导致序列会出现相同。有什么办法可以验证啊？？？

我用以前写的heatmap.2写的热力学图 发现出了一个问题 在基因的个数在100到3000左右的范围内，图像会出现很多空白的横纹   这个是空白横纹如何去掉的 我想要得到一个比较完整的清晰的基因表达谱的热力学聚类图

不知道有没有相关的review?

我想去除一组序列（大约1000条）中指定区段序列，例如 file1中包含原始待处理序列，格式和内容如下： >AT2G01210.1 MLASLIIFVALLCNVTVISGLN >AT2G01820.1 MSNSHLGTLCFIISLLGLANFSLS >AT2G01950.1 MTTSPIRVRIRTRIQISFIFLLTHL file2中包含指定区段信息，格式和内容如下： AT2G01210.1 [...]...

各位大侠，小弟打算做一个Moran's I Autocorrelation Index检验，在EXCEl表中输入了成对物种间的遗传距离，但是，不知道该怎么导入R中，我按照普通的read.table()导入，结果，不能显示出数据时成对的矩阵，请各位大侠指点，小弟不胜感激！

举例： a1=t(matrix(letters[1:10],nrow=2)) >a1      [,1] [,2] [1,] "a"  "b" [2,] [...]

利用haploview得到了位点间的r2值，我想做LD 衰减图，是把结果里边所有的r2值都拿来用呢，还是有什么过滤条件之类的？谢谢大家

在本地blast的时候，因为没有输入-m7的选项，结果出来是默认的格式，但是现在想把输出文件改成-m7的格式，不知道怎么实现？因为数据量比较大，不想再跑一次blast，谢谢！