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做微生物的GO和基因预测的软件有哪些？
做微生物的GO和基因预测的软件有哪些？哪个比较好？
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提问 如何在纤毛虫的基因组中找到特定基因？
刚接触这块不久 老板要我在4种已公布的纤毛虫基因组中用生物信息学方法找一些特定的基因 因为纤毛虫的基因组有基因组重复（genome duplication） 所以理论上的找到的特定基因应该不止一个 但是用HMM和Blast对基因组的氨基酸序列进行搜索后 只能发现一个甚至没有发现想要的特定基因 想问下如果在基因组中寻找特定基因的话 是不是用aa [...]...
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perl程序，向各位求助！
这是三条长度为10的碱基序列： CACTAGCATC ACATGTACGT CACACTGTAG 问题是这样的： 让三条序列两两比较，求任两条序列间的距离，距离是这样来定义的：由于每条序列长度都是一样的，比较相同位置的碱基（就是一条序列的第一个碱基与另外一条序列的第一个碱基做比较，第二个与第二个做比较，以此类推），碱基不同就加1，相同就加0；最后得到的数值我们就认为是两条序列的距离；我现在就是不知道怎么样才能让任两条序列都作比较，想了几天也没想出来，只有向各位请教了，谢谢·~··...
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遇到一个关于perl程序的问题，向各位请教！
现在这里有一首英文诗： Never give up Never lose hope Always have faith [...]
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TGICL使用遇到问题了
实验室服务器上，管理员安装了TGICL-2.1，但是我调用 （例如指令为：tgicl -F file1.fasta -p 0.98 -l 40 -v 1 [...]
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ModelGenerator
请问有谁用过ModelGenerator？我下载了软件，但就是找不到软件的使用说明书，在windows下操作，dos 窗口命令要求输入number of discrete gamma catogries,不知道输入的数字对模型的选择有何影响？ 还有我要构多基因树，不知道多个基因连接起来是否可以用于model generator分析？...
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求学习R语言的最佳方式
我对R语言一点都没了解 想学点R语言进行一些简单的统计操作 望好心人给予推荐
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求学习bioperl的最佳方式
本人生物信息学基础较差 想学习bioperl 求学习bioperl的最佳方式 有什么好书或好的网站 或好的论坛
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谁能帮我看看啊，查找长序列中短序列位置，并返回结果
刚接触perl不久，有两个文件，一个是普通的fasta文件，里面有20多个序列文件，每条序列长度为3000，格式是 >1 atatatatata..aaa >2 atatat....aaaa 文件b中是一些小的短序列，格式不是fasta的，但是一个短序列一行，有4000多个，如 atactat atcagtcag 如何依次提取b文件中的短序列在a文件中查找位置，然后返回结果到一个新的文件啊？有的时候还需要考虑序列的反向互补，可能在正向序列中找不到，在反向互补序列中就可以找到。 求大神指导帮忙...
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库尔勒香梨自交不亲和基因的生物信息学分析
我的毕业论文就是关于生物信息学的，会用到 Genscan. Protparam. Protscal. SignalP. TMPred. Coils. Wolfpsort. gor4. Swiss-Model. [...]
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de novo 组装基因组
基因组上某段区域，测了许多200bp reads，想de novo组装出这段区域。有没有可能组装出两个不同的结果，而且reads重新map回组装结果时map结果都还比较好？或者换句话说，用这些reads想组出最初的序列时，理论上有没有可能有两个甚至更多最优解？...
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群体测序找snp，indel的问题（RAD-seq）
采用RAD-seq对亲本和群体测序进行构建连锁图谱时，具体流程是什么？每一步用什么软件进行? 我主要是不明白怎么用测序获得的reads去做基因分型。如：亲本间的差异位点怎么找，这些差异位点在群体个体中又怎么找？ 麻烦行间讲讲每一步怎么做，用什么软件？...
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