Recent Questions

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blast结果求交集

现在手上有10个blastn -m 9的结果,想要把所有能比对上的query ID和subject ID提取出来以后求这10个结果的交集,但是不会写代码干着急,求助帮忙~ 我要的是各自query ID和subject ID,然后求这十组数据的交集 blast -m [...]

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关于拼接软件ABySS的使用

关于abyss,在单端拼接时一切正常。但是在pair-end拼接时,使用/bin目录下abyss-pe命令,会报出错误【make: ABYSS: Command not found make: * [/data00/home/ccwei/data/LimingXuan/simLC/300W/pair/abyss/300-1.fa] Error 127】。想问下这是由于什么原因造成的?谢谢

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批量设计SSR引物

p3_in.pl 不认识misa的输出结果,求助各位! [fish@fish software]$ p3_in.pl ~/Desktop/trial-20100823/EST.misa Use of uninitialized value [...]

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请问如何在服务器上运行R代码?

请问如何在服务器上运行R代码? 我在服务器上执行$ sudo apt-get install r-base 时, 其说:*is not in [...]

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linux中文本文件每一行是否都是默认存在一个\n\r,为何我在某些文本文件中每一行结束没找到\n,但是却可以换行?

RT linux中文本文件每一行是否都是默认存在一个\n\r,为何我在某些文本文件中每一行结束没找到\n,但是却可以换行?

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大量序列拼接问题

我们有上百万条不同长度的contigs,其中一些有重叠区,想把这些有重叠的序列拼接成更长的contigs。但我们的计算机配置不高,内存12G, CPU志强5620。请问除了耗内存的软件外,还有没有合适的软件啊?

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如何根据部分基因注释信息找到染色体上所有的基因的cds呢….

导师给了Y染色体4个基因的注释信息,但是题目却让我找到所有Y染色体上的基因的CDS,是不是我听错了,还是真的可以找到啊….

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询问批量蛋白Blast

博主好! 我有500个蛋白序列想比较他们和小鼠,大鼠的同源性。 是不是就是把这500个序列放到一个文件里面。序列之间如何分割,出来的结果的排序是什么样的? 另外比较的参数如何设置。

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cap3拼接结果中的singlets 按同样的条件可继续拼接。。

1,test.fa (>test1_fa >test2_fa >test3_fa >test4_fa >test5_fa >test6_fa >test7_fa ) cap3 [...]

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从一条染色体中取特定的序列

chr1 atctaaaggggccccccccc……..(文件大小是160M) 现在想取其中一段序列,比如123456bp-12345678bp的序列 由于是一般的电脑,只有2G内存,因此bioperl的模块用不了,内存存不了那么大的序列,这种情况下怎么才能把序列取出来呢? 谢谢大家帮帮忙!...