云生物 » Questions

小RNA测序数据中小于多少copy number的reads被认为是测序误差造成的，所以舍弃呢？

Paulluke — Sat, 04 Feb 2012 05:51:27 +0000

大家好：

把测序数据uniq之后会得到每一条read对应重复了多少次。有paper说重复10次以下的read被认为是测序误差造成，要舍去。我的数据是拟南芥小RNA测序数据，里面有六分之一的reads其copy number都是一，这样舍去是否是太多了呢？

谢谢。

Paulluke — Fri, 03 Feb 2012 02:36:35 +0000

大家好。我现在想用拟南芥的测序数据比对Rfam中structural ncRNA，但是tRNA没有物种信息，我是直接用里面的9万多条tRNA序列拿来比对吗？tRNA虽然保守，可以这么做吗？我想是否应该有针对拟南芥的tRNA序列呢？

tiomthy — Thu, 02 Feb 2012 14:58:40 +0000

假设：我有一个位点的在case和control的突变频数如下表

一般计算其case与control之间的等位差别会使用卡方检验：

R语言如下：

allelic_table<- matrix(c(172,120,228,280), ncol= 2)

print(allelic _table)

chisq.test(allelic_table,correct=FALSE)

而我现在的样本数过于小，是否可以使用fisher 检验呢：

allelic_table<- matrix(c(172,120,228,280), ncol= 2)

print(allelic _table)

chisq.test(allelic_table,alternative = "two.sided")

如果可以使用fisher检验是不是应该是使用 two sided（双边）检验

Rick001 — Thu, 02 Feb 2012 06:50:54 +0000

1、我做活性污泥样品中种群多样性分析，克隆测序得到了三种菌的序列，其中有一种菌的序列片段长度<200bp，提交到NCBI时，对方答复对于<200bp的序列片段不予接收，解释了好半天又提交了一次，结果还是不予接收。请问可否提交到其他的数据库？譬如DDBJ和EMBL。

2、比如一共有50条序列，按97%的相似度分属5个OTU，这50条序列需要全部提交到数据库中还是只提交5个OTU的代表克隆子的序列就可以？（相关的参考文献中好像这两种情况都有）

3、如果不是2中的情况，是不是100%一样的序列可以只提交一条，还是说实验得到多少条序列，全部都得提交（这些序列文章中都会用到）？

谢谢！

raymondowf — Wed, 01 Feb 2012 14:59:15 +0000

如果有一组微生物基因是 co-expressed (基于 microarray 数据）, 要如何找出它们的cis-regulatory motif? 假设它们都是被同样一个 regulator 控制的。

我的做法如下，但是不知道对不对？

1）找出每一个基因的 upstream sequence.

2) 放入 MEME, 设置为：zero or one per sequence; 8 <= width <= 35; search given strand only.

3) 以 E< 0.01 选出重要的 motif.

4) 通过 MAST 与所有的 upstream sequence 对比，以确定在第三步骤所获得的重要motif是以上基因的专属。E-value 为 < 1.0.

疑问：

（一）如何确定适合的 E-value?

（二）是否只考虑operon的upstream?

望高手指教！