我通过表达谱芯片拿到一组差异表达的酿酒酵母的gene symbol 想找其在染色体上的start 与 end 例如：   start stop Symbol [...]

RT 我听导师说 我们要比对的DNA序列要比对2 3天的时间 .... 如果有软件能不能给我发一个 我的邮箱是zhaozhiqiangg@126.com 刚涉及到这个 可能问题有点幼稚 请见谅

请问各位前辈：ncbi中的基因序号和phytozome中的基因是如何对应的?我在NCBI上找到杨树基因ID如何找到拟南芥对应的JGI gene accession？有没有关于JCI的教程？

我有一个3G的文件，是phylip protdist得到的output文件，里面是一个15490*15490的矩阵，但是它们都是0.000000这样格式的，我想只要小数点后４位，如何运算呢？ 数据格式如下：我知道perl里面有printf命令，但是我只会用split(/\s+/,$file)，我想是不是可以用awk这样的快速的方法，由于数据太大（3G），所以，请各位帮帮忙！谢谢了！ 15490 2GECDDH 0.000000 0.091953 0.282887 0.255746 0.591753 [...]...

fastacmd中参数-s中loci值得是什么

blast 子程序 fastacmd能否按基因的起始位置和终止位置提取序列？若能其参数以及格式是什么？

  UCSC 使用BLAT Search Genome的时候，提交序列文件限制是25条序列，有其他办法能进行序列数据批量比对到基因组中么？非本地进行blast的

源文件是FASTA格式 >1EM2 GSDNESDEEVAGKKSFSAQEREYIRQGKEATAVVDQILAQEENWKFEKNNEYGDTVYTIEVPFHGKTFIL KTFLPCPAELVYQEVILQPERXVLWNKTVTACQILQRVEDNTLISYDVSAGAAGGVVSPRDFVNVRRIER RRDRYLSSGIATSHSAKPPTHKYVRGENGPGGXIVLKSASNPRVCTFVWILNTDLKGRLPRYLIHQSLAA TXFEFAFHLRQRISELGAR >gi4929573 MSTRAKKLRRIWRILEEEESVAGAVQTLLLRSQEGGVTSAAASTLSEPPRRT...

I want to align a set of paired end sequence [...]

    测了几个转录组，需要做GO和kegg；但是都不是模式生物，没有本物种的GO数据库，像这种情况怎么去做，希望得到大家的指导。     貌似Interpro可以，那么我需要手动先把我的序列按六种ORF框翻译成蛋白序列么？还是提供个map得到的Gene ID即可？？     例外kegg现在ftp已经收费了，是不是对分析大通量转录组数据很不利？看之前的帖子提到API不受影响，但是我理解API的实现方式也是需要上传到服务器端的数据库进行比对；这种海量数据不现实。不知道我猜测的对不对…… [...]...

请问samtools mpileup后的数据前边几行每一行代表什么意思啊 ##fileformat=VCFv4.1 ##samtoolsVersion=0.1.18 (r982:295) ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth"> ##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality [...]

下面是我做 orthomclBlastParser时输入的命令： orthomclBlastParser Hsa-Ath.txt  ~/my_orthomcl_dir/compliantFasta >>similarSequences.txt （其中： -----"Hsa-Ath.txt" 是 BlAST output [...]

  The 5th Virtual Training Workshop on Bioinformatics Asian Bioinformatics [...]

用jmodeltest算出来的模型参数如下， model = TPM1uf partition = 012210    -lnL = [...]

如何在ensembl或ncbi或者哪里下载一些模式生物（如人、斑马鱼）的转录组数据呢