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关于如何查找蛋白质模块的功能
我做的是对一个蛋白质相互作用网络（Ecoli）进行聚类，得到了小模块，现在想查询其功能，看这模块找出来的效果咋样，一般是在MIPS和GO中查找，对吧！ 可是我的源数据是从DIP从下载的，蛋白质的名称全是类似DIP-2432N,DIP-563N这种类型的，而这种格式在MIPS和GO中不识别。。。。我的想法是在DIP数据库中通过查询结点，把DIP-2432N转化成MIPS中的结点，可好像现在这服务取消了啊。。现在我咋办，有没有哪个数据库直接识别上述名称的没。。。或还有其它的什么办法么？ 谢谢...
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弱弱的问，如何下载蛋白质相互作用数据
~ 弱弱的问，如何下载蛋白质相互作用数据
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关于蛋白质序列比对软件clustalx的使用
clustalx可以模拟并显示出祖先序列吗？或者别的什么软件可以？
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求助，NCBI里面有没有针对环境样品的批量blast？
我有一批环境样品，是细菌和真菌的，有1000多条，想知道是些什么物种的，一个一个对NCBI里面比对的话，太耗时，且结果不好整理，我下载了NCBI里面的nt数据库，想本地BLAST，但是不知是不是数据库太大了（约15G），一直都没有动静，机器是普通双核电脑，没有显示结果…… 请教各位高手，是否能在NCBI上批量blast环境样品？谢谢...
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求助：如何从众多数据中提取数据的坐标信息
各位大虾，现在我有一个好几G的关于23条染色体上每个碱基位点测序深度的数据，但是有些位点的测序深度太离谱，明显超出了正常的范围，有些地方甚至过万。所以，想通过perl编程提取这些不正常的位点的位置（所在染色体以及在该染色体的位置），不知道有没有哪位可以给小弟指引一下啊？ 数据的格式如下： >chrX 0 0 0 0 0 0 0 [...]...
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求救
会的朋友帮帮忙！我在做PINUS全套EST序列，现在老师要我处理这些序列，然后进行拼接，做过的朋友能讲讲心得吗？可以说说哪个软件好用
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perl画图程序求解释
! /usr/bin/perl -w use strict; use File::Basename; unless (@ARGV > [...]
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EST序列的处理，SSR相关
求助：我做的是EST－SSR引物的筛选，实验做完了，回来整理才发现有一个步骤我居然一点印象都没有了。下面描述的第二点： 1. 我用est_trimmer.pl对EST序列进行了初步处理 2. 我忘记我做什么了，应该是做了一个聚类拼接的步骤，具体的程序代码我忘记了 3. 经过前面两步生成了如下文件，我截取部分： isotig00001 gene=isogroup00001 length=724 [...]...
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使用bioperl计算kaks
如题 我有一个fasta文档 有不同的序列 请问如何将其中相似的弄到一起计算ka/ks
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GRCh37_chr1.fa 文件内注释文件的意义
NCBI下载的hs_ref_GRCh37_chr1.fa文件中存在下列信息，怎么解说这些注释的意思呢？谢谢大家; my email: guoshicheng2005@yeah.net >gi|224514618|ref|NT_077402.2| Homo sapiens chromosome 1 genomic [...]
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blastout结果筛选
我的blastout结果 Os.11595.1.S2_at.seq#68 Os.11595.1.S2_at.seq 100.00 21 0 0 1 21 68 [...]
