对已知基因检测热点突变做引物设计，是用cDNA还是mRNA做引物设计啊，在NCBI里面那个下拉菜单有个信使RNA和蛋白质序列，信使RNA怎么是T而不是U呢，怎么直接找cDNA啊，求高手指点，谢谢

手上拿到番茄果实的EST大概有8万多条，需要进行拼接，但是直接用cap3进行拼接的话，比较消耗时间，速度也慢。想请问各位大大，如何将这8万条序列进行cluster聚类，然后在小类里面可以cap3，最后把所有小类里面的结果进行cap3呢？ 能写个脚本最好了。。 拜托各位高手了...

我有两个核酸序列库A和B，现在要对这两个库做双向blast，找出orthologs ，应该用什么blast程序呢，直接用blastn可以吗？还有怎样将一个核酸库转换成蛋白库呢。 希望各位赐教。谢谢

第一次接触到的基因组注释文件，后缀是.txt，小鼠的。看不懂各项是什么意思。粘上前三行，哪位大神见过这种的，教下我这些都是什么意思，或者告诉哪里有看这种格式的帮助文档。谢谢啦！   248     NM_010135       chr1 [...]...

数据一 NM1  12 NM2  20 NM3   3.9 等等，，，，   数据二 [...]

有点急，望高手帮助

各位好，小弟目前要分析基因芯片数据，刚刚入手，只懂得一点皮毛，向大家学习下，不知道大家有没有合适的分析平台推荐下？

100055 0 1.55509087883 0.970764844172 0.115311803055 100071 5.50450276894 12.3657118946 8.47926467243 6.3076514169 [...]

初学perl，求教各位大侠，什么是二维数组？如何才能够在一个程序里定义一个二维数组？

通过对两个subtype 基因组进行alignment，来寻找conserved的序列，已经使用过Lastal和mummer 但是最后结果却不是很理想，两个结果中都含有大量的重复序列，除去这样的序列之后，基本就剩下很短的序列了，估计是不可行的。不知道大家平时都用的是什么软件?l另外呢，有木有人知道可以进行多序列alignment的软件，当然我指的是针对比较长的序列？...

比如 ，有一段序列长为10个碱基与它匹配的有9个碱基。与如果一段序列长为3个碱基与它匹配的有3个碱基。他们的匹配质量谁的高，拿什么来衡量？

最近做一个miRNA检测的实验，打算用数据库搜索到的GSS序列与所有成熟miRNA序列进行比对，然后进行二级结构预测，最后分析得出潜在miRNA。 过程中很多东西不会，求助啊

需要对测序结果进行批量拼接，查到大都会用Phred/Phrap，可写信问作者要需要2周左右时间才回复。 BTW：能有其他更好地正反向测序结果拼接工具吗?

由于任务需要，我现在需要定位Populus trichocarpa scaffold_118在其基因组的位置（具体到是在哪条染色体上），请问我需要怎么做？NCBI吗，我知道，可是找不到，所以求助各位同仁！谢谢大家！

我在tair上下载了Arabidopsis thaliana TAIR 10 cDNA数据（ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/ATH_cDNA_EST_sequences_FASTA/ ），只有基因的gi ID和序列。我想下载信息非常全的Arabidopsis thaliana TAIR 10 [...]