获得RNA-seq数据，每条reads大约100bp，现计划利用每条reads的10bp到50bp处得41bp序列mapping！由于本人不会编程，望高人相助！

      我用gimmemotifs搜索motif得到这样的图示结果，可是下面对应的GTrkATwTG中r、k、w的含义不知道是什么意思，在这个软件的说明中也没有找到对应的说明，不知道有没有知道的。

大家好，我是生物信息的新手。在ensembl上下载了人基因组的序列，发现在序列中有很多重复的Ｎ。 ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-64/fasta/homo_sapiens/dna/ ensemble说有两种版本，一种是用RepeatMasker跑过的，会有很多Ｎ的标记，但是我下载了没有用RepeatMasker跑过的，其中也有很多的Ｎ。 我想问下这些Ｎ到底代表什么意思，有没有不带Ｎ的基因组序列呢？求指教，谢谢。...

要处理的Genebank文件格式见下（Genebank是一个文件包含多个序列，名字为sequence.gb，以下只列出几个，实际有批量文件要处理），我需要生成的fasta文件的特定格式主要是名字的格式为：登录号_国家_年份。当然还有全序列。谢谢各位大虾！！！ LOCUS       AF027217                1768 bp    DNA     circular VRL 19-MAR-2009 DEFINITION  [...]...

本人正在学Perl想自己提取Genebank文件里的内容，但苦于找不到该文件的格式说明，有谁能给我个格式说明或发个链接？感激不尽！

按一个list中的名称到一个文件夹中去提取相应名称的文件，并将这些文件复制到一个新文件夹，如何实现？非常感谢帮助！

我已经用getGEO下到了数据库的文件。现在想做的是找出那些在每一个库中都出现的基因。 初步想法是把每一个数据库中的基因用gene symbol表示，然后找出那些在所有数据库中都出现的gene就行了。 问题是我不知道怎么把一个数据库中的gene转换成gene symbol. 求指教，谢谢。...

我在用bwa跑paired end 的1.fq(34G),2.fq(34G)文件时候, 先用bwa aln 跑出来了各自sai(3.4G,2.4G )文件. 问题是后面用bwa sampe 把sai转换成sam文件的时候, [...]

电脑配置：win7 旗舰版  64位  内存8G 下载了适用于64位win7的 java环境（jre-6u27-windows-x64） blast2go版本：我下载了适用于3G内存64位芯片的blast2go。。 但是 java web start 打开然后是下载应用程序 但快结束时候 [...]

请问non codingRNA  是怎么分类的，具体分哪些，，按什么来分的，，最好尽可能详细的分？？谢谢！！！

请问在对得到的进化树进行分析的时候，最右边画的那条竖线用来表示分类的是怎么画上去的啊？是用本身的树显示软件还是用另外的软件更改的啊？我用的是dendroscope，请指教，谢谢！

以前用cluster比对文件发现很好，但是现在比对导入进去却不比对直接输出结果，输出的结果是空文件，我改怎么办？请各位大侠给予指点，心急如焚

有没有了解这方面的信息，这个系统在西方已经非常流行，不知道现在国内比较有钱的实验室/公司是不是已经上这套系统了？ 谢谢

如何在ucsc中批量下载鼠基因组的annotation数据，望高手指点，谢谢

如何在Refseq中批量下载非编码RNA数据？望高手指点  谢谢