我利用limma处理双通道的芯片数据 library(limma) setwd("E:\\agilent") #输入目标文件 targets=read.table("targets.txt",header=T,sep="\t") #读取探针原始数据 RG<-read.maimages(targets$FileName,path="E:\\agilent\\rowdata",source="agilent") #背景矫正 RGb<- backgroundCorrect(RG, [...]...

求perl语言或VB语言的5联体程序，不胜感激。。

在connectivity map中我想找一个instance药物的signature，但是有个up threshold和down threshold该怎么取？

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Getopt::Std; use Bio::SeqIO; &main; [...]

谁能给讲下K-MEANS聚类算法是什么意思 最好有现成的例子能帮助理解的 谢谢

大家好！最近遇到一个奇怪的问题，在使用Primer3批量设计完引物以后，需要将.p3out文件和.misa文件整合。然后怎么弄都整合错误，总是提示"Primer modeling failed for XXXX sequences".最后出来的result文件只是简单的将.p3out的表头和.misa文件合并到一起，没有达到整合的目的。研究了几天，没找到原因。在使用Primer3的设计引物的时候曾遇到问题，可能是Primer3版本升级了，参考一些资料后将SEQUENCE=改为SEQUENCE_TEMPLATE=后正常使用。是否是因为PRIMER3版本的原因，里面的语句发生了变化？请各位大大赐教，不胜感激！ &nb...

我想下载一个已测序的基因组的原始数据，，一定要是原始数据，，从哪儿下载？？谢谢！！

代码是我从CPAN中下载的，我不知道是不是这个！如何修改，请高手指点！ use Bio::Tools::Run::Cap3; # Run Cap3 using an input FASTA [...]

为什么在一个文件中截取的某两列数据在循环中建的哈希表 在外边输出值时总是最后一个值，是哈希表的建立哪里出了问题    1 #!/usr/bin/perl   2 #use strict;   [...]

请问MEGA做出来的进化树是否可靠？用phlip通过四步做出的进化树与MEGA相比有没有更加可靠一些？多谢！

只知道特定基因在基因组中的位置，想提取基因间隔区序列，需要怎样才能把基因间隔区准确提取？而不是只提取一部分间隔区序列？需要到mapviewer上看基因在基因组中的位置吗？看其邻近的基因 一个一个提吗？

现在遇到一个工作想用一下GATK中的FastaAlternateReferenceMaker组件，http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Creating_a_Fasta_Alternate_Reference_(incorporating_variants_into_the_reference) 但是被一大堆输入文件搞得晕头转向。-L path/to/intervals_file，这个intervals file的格式到底该如何生成呢？我的序列并没有那么多染色体或者需要处理和不需要处理的区域，只有一条序列，全部处理，我打印出了Sam的文件头，然后下面的起始终止区，正负链信息...

本人用tRNAscan-SE提取tRNA在基因组中的位置之后，需要rRNA_extractor.pl软件提取序列，这是在北京华大基因生物信息学培训教材里找的，PDF里只说在教材附带的软件包里，可PDF我只是在网上找的，估计是盗版的。谁有北京华大基因生物信息学培训教材附带的软件包阿？急用望分享  ...

知道所需基因在基因组的位置，提取所需基因的上游序列需要 用perl处理吗？