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如何批量删除一组序列中指定区段的序列,请求大侠帮助!!!
我想去除一组序列(大约1000条)中指定区段序列,例如 file1中包含原始待处理序列,格式和内容如下: >AT2G01210.1 MLASLIIFVALLCNVTVISGLN >AT2G01820.1 MSNSHLGTLCFIISLLGLANFSLS >AT2G01950.1 MTTSPIRVRIRTRIQISFIFLLTHL file2中包含指定区段信息,格式和内容如下: AT2G01210.1 [...]...
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在R中,如何导入EXCEL表中遗传距离矩阵啊,谢谢!
各位大侠,小弟打算做一个Moran's I Autocorrelation Index检验,在EXCEl表中输入了成对物种间的遗传距离,但是,不知道该怎么导入R中,我按照普通的read.table()导入,结果,不能显示出数据时成对的矩阵,请各位大侠指点,小弟不胜感激!
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R语言中对矩阵做交集
举例: a1=t(matrix(letters[1:10],nrow=2)) >a1 [,1] [,2] [1,] "a" "b" [2,] [...]
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用haploview的结果做LD衰减图需要做过滤处理吗
利用haploview得到了位点间的r2值,我想做LD 衰减图,是把结果里边所有的r2值都拿来用呢,还是有什么过滤条件之类的?谢谢大家
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如何转换blast output的格式
在本地blast的时候,因为没有输入-m7的选项,结果出来是默认的格式,但是现在想把输出文件改成-m7的格式,不知道怎么实现?因为数据量比较大,不想再跑一次blast,谢谢!
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如何批量的下载基因的start 和end数据
我通过表达谱芯片拿到一组差异表达的酿酒酵母的gene symbol 想找其在染色体上的start 与 end 例如: start stop Symbol [...]
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我是新手!~想问一下做DNA序列比对的那个blastn只有网页版的吗? 能下载软件吗?
RT 我听导师说 我们要比对的DNA序列要比对2 3天的时间 .... 如果有软件能不能给我发一个 我的邮箱是zhaozhiqiangg@126.com 刚涉及到这个 可能问题有点幼稚 请见谅
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ncbi中的基因序号和phytozome中的基因是如何对应的?
请问各位前辈:ncbi中的基因序号和phytozome中的基因是如何对应的?我在NCBI上找到杨树基因ID如何找到拟南芥对应的JGI gene accession?有没有关于JCI的教程?
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如何批量改数值小数位?
我有一个3G的文件,是phylip protdist得到的output文件,里面是一个15490*15490的矩阵,但是它们都是0.000000这样格式的,我想只要小数点后4位,如何运算呢? 数据格式如下:我知道perl里面有printf命令,但是我只会用split(/\s+/,$file),我想是不是可以用awk这样的快速的方法,由于数据太大(3G),所以,请各位帮帮忙!谢谢了! 15490 2GECDDH 0.000000 0.091953 0.282887 0.255746 0.591753 [...]...
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fastacmd 参数-s中loci指的是什么
fastacmd中参数-s中loci值得是什么
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fastacmd提取序列
blast 子程序 fastacmd能否按基因的起始位置和终止位置提取序列?若能其参数以及格式是什么?
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UCSC 如何批量BLAT Search Genome 及如何批量下载
UCSC 使用BLAT Search Genome的时候,提交序列文件限制是25条序列,有其他办法能进行序列数据批量比对到基因组中么?非本地进行blast的
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请教一个错位匹配找MOTIF的问题!谢谢
源文件是FASTA格式 >1EM2 GSDNESDEEVAGKKSFSAQEREYIRQGKEATAVVDQILAQEENWKFEKNNEYGDTVYTIEVPFHGKTFIL KTFLPCPAELVYQEVILQPERXVLWNKTVTACQILQRVEDNTLISYDVSAGAAGGVVSPRDFVNVRRIER RRDRYLSSGIATSHSAKPPTHKYVRGENGPGGXIVLKSASNPRVCTFVWILNTDLKGRLPRYLIHQSLAA TXFEFAFHLRQRISELGAR >gi4929573 MSTRAKKLRRIWRILEEEESVAGAVQTLLLRSQEGGVTSAAASTLSEPPRRT...
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How to align paired end sequence to paired end sequnce with specific aligned ratio and overlap length?
I want to align a set of paired end sequence [...]