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基因组序列alignment的问题
通过对两个subtype 基因组进行alignment，来寻找conserved的序列，已经使用过Lastal和mummer 但是最后结果却不是很理想，两个结果中都含有大量的重复序列，除去这样的序列之后，基本就剩下很短的序列了，估计是不可行的。不知道大家平时都用的是什么软件?l另外呢，有木有人知道可以进行多序列alignment的软件，当然我指的是针对比较长的序列？...
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碱基匹配质量有什么函数可以确定吗？
比如 ，有一段序列长为10个碱基与它匹配的有9个碱基。与如果一段序列长为3个碱基与它匹配的有3个碱基。他们的匹配质量谁的高，拿什么来衡量？
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新手求助！blast分析使用，miRNA的预测
最近做一个miRNA检测的实验，打算用数据库搜索到的GSS序列与所有成熟miRNA序列进行比对，然后进行二级结构预测，最后分析得出潜在miRNA。 过程中很多东西不会，求助啊
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请问谁有Phred程序？
需要对测序结果进行批量拼接，查到大都会用Phred/Phrap，可写信问作者要需要2周左右时间才回复。 BTW：能有其他更好地正反向测序结果拼接工具吗?
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请问，怎样查询和定位scaffold具体在哪条染色体上？
由于任务需要，我现在需要定位Populus trichocarpa scaffold_118在其基因组的位置（具体到是在哪条染色体上），请问我需要怎么做？NCBI吗，我知道，可是找不到，所以求助各位同仁！谢谢大家！
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哪能下载Arabidopsis thaliana TAIR 10 cDNA数据？
我在tair上下载了Arabidopsis thaliana TAIR 10 cDNA数据（ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/ATH_cDNA_EST_sequences_FASTA/ ），只有基因的gi ID和序列。我想下载信息非常全的Arabidopsis thaliana TAIR 10 [...]
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我想用bowtie，可是我的reads有部分长度大于1024bp，该怎么办？？望指点！
我想用bowtie，可是我的reads有部分长度大于1024bp，该怎么办？？望指点！
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如何用python读哈希？？望高手指点，谢谢！！
match mis- rep. N's Q gap Q gap T [...]
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我这个程序为啥没进入循环，仅抽出了第一个的部分序列？？望高手帮忙！！
#!/bin/python #Filename:sequence.py from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq [...]
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我想抽取部分序列，从start到end，但各个的start和end位置都不相同？我只会每个抽取全部的序列，望高手帮忙用python写个小程序！！我只懂点python，谢谢！！
我想抽取部分序列，从start到end，但各个的start和end位置都不相同？我只会每个抽取全部的序列，望高手帮忙用python写个小程序！！我只懂点python，谢谢！！ list为： strand，id，start，end + 93688 0 156 - 58684 0 [...]
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询问基因系列测出后如何比对？
我做的是人AQP4基因外显子区域的SNP位点的分析，现在经PCR后的产物已经测系了。我们已经拿到目的条带并已经测系了，请问下步如何比对，找突变点了？？谢谢！需要详细的步骤，不会用BLAST，请详细指导，再次谢谢了！！！
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用Mega做出来的进化树，怎么看各大分枝之间的遗传距离？
求解答，万分感谢~~
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下面的进化树指标如何获得?哪位大虾告诉我一下
最近我要写分子进化方面的论文，但有很多不会的，就查资料，看到资料中有下面的指标， 这些指标通过哪个软件得出的？另外这些指数值的大小范围是如何衡量进化树的可靠性？
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请教：这个程序出错，望指点！！谢谢
#!/bin/python #Filename:sequence.py #!/home/wangl/biopython-1.58 from Bio import SeqIO from Bio.Seq import [...]
