由于需要对某种基因进行遗传分类（很大量），想从NCBI的nr里面提取这个基因，建立个dataset，然后用blast进行比对。如果直接用nr太大了，计算要花很多时间。望高手解答。

柳城，问个弱问题，想在NCBI上下几个物种的线粒体的基因组，但不是下序列，想下个环图。包括些主要的基因示意，但是在Map viewer上都是详细信息，能下特别特别大概的环图么？PPT上用，多谢啦！！

柳同学，讲下kegg的用法吧

收到一份邀请。华大基因又有培训班了。 ===============分割线======================================= 今年8月华大基因和美国国家进化综合中心会联合举办“系统发育学”培训班。不知道你有没有兴趣？ 讲师团队：系统发育信息学领域知名专家、学者亲自授课。 Darin London — Perl William Piel [...]...

新手上路，，做毕业论文。想了解预测蛋白质二级结构的思路和步骤。有没有人能指导指导。万分感谢。

博主你好！小弟不是第一次来这取经了，这次又遇上麻烦了，希望博主能赐教： 1.做blast的时候，小弟遇到了一个有“Matrix”的选项，里面有： PAM 30 PAM 70 BLOSUM 80 BLOSUM 62 [...]

我最近在做生物信息学web系统。可实现序列联配，ORF查找，序列翻译，多序列对比，进化发育树构建，引物设计等功能。前面三个功能可实现。我使用的是PHP，现在想要调用clustalW和phylip。查遍网上资料，没有找到相关调用命令。特此来这个宝地请教下大侠！...

招聘职位如下： 生物信息工程师 工作地区：广州 招聘人数：1~3人 有效时间：至2010年6月份 职位职责： 数据分析和处理 应聘要求： 生物或计算机类相关专业本科(或以上)，应届毕业生； 有生物学基础，了解基因组知识； [...]

用MEGA处理Clustalw的比对结果，完成格式转换后，导入MEGA生成有bootstrap值的进化树，发生错误，提示NO COMMON SITES FOR COMPUTING DISTENCES，看帮助文件也没看懂，请问这种情况怎么处理？或者说用clustalw处理的aln文件怎么生成有bootstrap值的进化树？

dna序列能直接去orf finder么？ 我觉得这个问题好弱啊，但是我真的迷糊了。虽然有内含子序列，但是orf是基于起始密码和终止密码来的吧，那用dna得到的orf的部分应该和cdna去检测的结果差不多吧？

大家好！ 谁知道向NCBI提交序列，DNA相似度多少的只需要提交其中一条就可以了？相似度以97%为标准吗？ 谢谢！

我想查找葡萄中的SBP转录家族的序列信息，不知道怎么找，能教教我么。 我看了些文章，但是都不详细，我试过两个方法，就是不知道对不对，接下去怎么处理。 一个是，拿拟南芥转录家族的所有基因对葡萄EST数据库进行比对，然后将结果进行拼接，但这样，还是得到很多序列 二是，那SBP domain 氨基酸序列对葡萄EST数据库进行比对，结果再进行拼接，这样得出的序列较少，但是这些序列的CDS序列以及氨基酸序列我不知道该怎么查找出来了，而且要和拟南芥做聚类分析以及氨基酸比较分析，我不知道这些序列对应拟南芥哪些序列进行分析？ 在线等求教。。。。。...

我现在想把MEME本地化预测Motif，在Ubuntu下安装时，到"make test"这一步就总是显示有一项错误，谁知道怎么解决？安装过MEME的给个建议，谢谢

我用Clustalw处理序列比对，结果aln和dnd分别用mega和treeview处理，看教程能够处理，但是我在导入数据却屡次发生错误！数据不能识别，dnd文件有时能被treeview识别，这是怎么回事？ 期待中。。。。。。  

使用codeml时，显示Error:only Nssites=2,3&model=2,3 are compatible，这是什么原因呢，codeml.ctl中设置的是model=0。